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神奇运输装置（日文︰ポケムーバー，英文︰Poké Transporter）是一款3DSeshop上的软件，作为神奇宝贝银行的扩充，可以将第五世代主系列游戏里的神奇宝贝传入神奇宝贝银行，再转而传入第六世代。
神奇运输装置的日文标题
下载方法
进入神奇宝贝银行，确认使用权限之后，进入主选单选项“神奇运输装置下载”后即可进入3DSeshop下载神奇运输装置，二者的使用权限是共享的。
使用方法
在插入第五世代神奇宝贝游戏后进入神奇运输装置，通过神奇运输装置可以将箱子1内的所有神奇宝贝一次性移动到神奇宝贝银行的的服务器上，再通过神奇宝贝银行传输到第六世代的游戏中的电脑，前作的传送工厂并不需要付费完成，但是本次神奇运输装置与神奇宝贝银行都需要单独付费。不过在发售初期有一个月免费的体验期，体验期结束后，需要付年使用费。
神奇运输装置会移动箱子1内的所有神奇宝贝，并且这一操作是不可逆的，如果有不想被转移走的神奇宝贝，只能放在箱子1之外的箱子内或随身携带。
被移动的神奇宝贝会存放在神奇宝贝银行特殊的“转移箱”内，需要将此箱子内的神奇宝贝全部移出后才可以进行第二次转移。
细节
神奇运输装置可以读取所有区域版本的第五世代神奇宝贝游戏片报告，即可以不受限制的跨区移动神奇宝贝。
但是日版的神奇宝贝黑白版和神奇宝贝黑白版2却不能在非日版NDS和3DS上运行。
虽然神奇运输装置在E-SHOP有售，但是下载页面是隐藏的，只有下载过神奇宝贝银行的用户才可以下载神奇运输装置。
由于官方服务器在神奇宝贝银行开始下载首日使用的人数过多而导致服务器整体瘫痪，然而在官方恢复后仍然有部分网络运营商的网络无法登录服务器。
神奇运输装置不能回传神奇宝贝，传入第六世代的神奇宝贝会再也无法传回第五世代，这与第三至第五世代的跨代传输相同。
所有传输的神奇宝贝的原有出身信息将会消失，就算是配信神奇宝贝和活动赠送的神奇宝贝的出身信息也会消失，取而代之的是“从合众地方千里迢迢穿越时间和空间来到卡洛斯地方*”，但是“命运的相遇”会被保留。
神奇运输装置会检查传送的神奇宝贝是否合法，经过修改的神奇宝贝将无法传输，但是仍然有玩家称会漏检非法神奇宝贝。
神奇运输装置是唯一需要单独付费的跨世代交换工具。
