我分三个问题来回答。
问题一：为什么魔兽、CS、暗黑那一些（风靡国内的）欧美游戏当时没在日本火起来？
这是个有意思的问题，但日本游戏市场和欧美的差别这个话题我说不好，等其他人来说。我从另一个视角来看看这个问题。
题主问的几个都是PC游戏。这几个游戏在全世界游戏史上都很重要，但没有国内玩家认为的那么重要。对于那个年代，国内玩家认知上可能就只有这些游戏了，其实不是，我这个答案可以说说日本玩家不玩星际争霸、CS、魔兽争霸、暗黑破坏神的这几年在玩什么。
先说星际争霸、CS、暗黑破坏神。这三个是同一时期的游戏了。
这个时期，日本玩家在电视上玩playstation和N64。
具体而言就是：《超级马里奥64》《塞尔达传说：时之笛》《007：黄金眼》（这个也是枪战哦，感兴趣的话可以查查历史地位）《生化危机》《最终幻想7、8、9》《古墓丽影》《实况足球》《寂静岭》《潜龙谍影》《铁拳》……
而魔兽争霸3上市时，已经是游戏机的第六世代了。
这个时期，日本玩家在玩PS2和NGC（XBOX就不提了吧）。
具体而言，这时候日本玩家在玩《塞尔达传说：风之杖》《阳光马里奥》《三国无双》《生化危机4》《潜龙谍影》《最终幻想10、12》《勇者斗恶龙8》……
这么说是什么意思呢？日本玩家有低廉的游戏机和更加丰富的主机游戏可以选择，根本没必要买昂贵的高配置电脑去玩PC游戏。所以那些年国内流行的欧美PC游戏在日本不流行。
而且其实我想再换一个角度吐槽。如果玩家的定义是“游戏的购买者”的话，那么CS、暗黑破坏神等在现在的延续《使命召唤》《上古卷轴》《GTA》等游戏的玩家数量，日本还是远超国内的吧……
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问题二：为什么很多欧美游戏，特别是暴雪旗下的游戏在日本人气不高？
这个问题的答案是：因为日本主流玩家不玩PC游戏，而暴雪又只做PC游戏。
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问题三：为什么即时战略游戏、FPS游戏、在线RPG等在中韩很火爆的类型在日本不温不火？
即时战略游戏绝大部分都是PC游戏（手柄无法操作），日本人不玩PC游戏，他们的战略游戏都是适合手柄操作的战略RPG、战棋游戏等。
FPS游戏：
日本很多玩家从生理上拒绝FPS游戏（很多日本玩家玩后会晕到吐，我记得哪里统计过）。
日本相对其他国家古老的游戏文化中没有FPS的历史，从游戏习惯传承上而言新生的FPS游戏必然需要一个被接受的过程。
也因此，日本很多玩家在玩其他游戏，没有FPS氛围。而一种游戏的风靡很多时候是和玩家的圈子，游戏的氛围息息相关的，所以FPS无法风靡。
FPS这些年已经开始被日本玩家接受，COD和战地好像卖得都不错。
在线RPG：
其实我不太清楚题主是不是想问在线RPG（包括MMORPG），如果是问这个那么：在线游戏目前在游戏中还是小众，游戏制作的主力军还没转型来做完全在线的游戏。在游戏市场发达的地区（欧美、日本）在线游戏玩家也是玩家中的小众。
等完全在线游戏完善发展主流化（本世代应该就可以，《命运》《看门狗》《全境封锁》《deep down》），在线RPG必然风靡日本（前提是没被手机游戏占领）。
还有就是我刚说的，绝大部分在线RPG都是PC游戏……
欧美RPG：
如果题主想问的是这个。
那我觉得主要原因是麻友友的答案。日本是个RPG大国啊，RPG就是从日本兴起的，现在也还没完全没落（《口袋妖怪》《二之国》《女神异闻录》等），对于一个XX大国，其他国家的XX对其而言只会是个补充。
补充的意思就是如果你的RPG做的很出色也做好了本地化，也是能买个不错的销量的（比如老滚）。
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网友回复：
平台
日本最大的游戏平台是手机,其次是游戏机,然后才是电脑.
手机在日本是上网的第一选择,很大程度取代了电脑的必要性.多数日本家庭只有一台甚至没有电脑.而作为游戏机使用更是少数核心和美少女游戏玩家才会做的事.
文化
同为国民RPG的<勇者斗恶龙>和<最终幻想>.FF在欧美也有极高的人气.DQ人气则很一般.
实际上许多质量一般的武侠仙侠网游要比EQ EVE高很多.山口山之所以能火,得益于之前星际魔兽暗黑积攒的人气,暴雪本身就可以算是国内电脑游戏的一种文化了.
运营
暴雪的几个游戏都没在日本发售.维基百科的说法是星际1是有在日本发售的,英文版发售后也有日文版的发售,但翻译及其拙劣,加上电脑游戏销量并不好,所以之后就没在日本单独发售游戏了.
阀门的CS CSGO之类FPS倒是有发售,其实在Steam上搜服务器,目测日本的服务器比大陆还多点.
其实星际魔兽DOTA2在日本也是有一小部分核心玩家的(日本DOTA圈混入了不少华人留学生>_<).但都没有本土语言化,注定不可能普及.
本身游戏产业的发达
天天都能拍出宫斗如甄嬛抗日如亮剑这样符合本土大多数人口味的剧看,会去找美剧日剧韩剧想必是极少的.
其实CoD BF这样全世界深受世界警察毒害的青少年都喜欢的打打杀杀,或是上古卷轴这样当作人工少女玩,试试在日本发售也是能有不错销量和很高的评价的.大多数游戏,都没在日本发售,何从谈得上受欢迎...
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关于最大平台是手机的疑问
是我讲得武断了些,日本手游总值是不是超过了传统游戏机不好说,但普及度是远超游戏机的.
日本用户超越美国成为最爱在iTunes中消费用户
另外亦有一个时代的结束？ 任天堂市值被手游厂商超过这样的报道.
虽然访问两家公司官网的财报 任天堂的市值是远远大于该手游厂的 不知道是这条报道失实还是算法不同
日本在智能手机流行之前手机的发展就领先于其他地方了,这两年智能手机在日本的爆发性增长,同时带动手机游戏业也水涨船高.目前游戏机性能越来越强,导致开发成本越来越高,除了老任之外的传统游戏厂商基本都开始转型简单暴力来钱快的手游
