番荔枝主要虫害有红蜘蛛、吹绵蚧、天牛、木蠹蛾、蜗牛，而危害最大的虫害是小果实蝇。
1.红蜘蛛：红蜘蛛危害高峰期为夏秋季节，受害植株叶面呈灰白色小斑点，叶片褪绿无光泽。严重时叶片脱落，仅存枝梢，严重削弱树势，影响果实膨大。防治措施：发现叶片有褪绿迹象时应及时普查。红蜘蛛多聚集于叶片背面，要重点喷；最好重点挑治，全园喷药既耗费劳力、加大成本，又误杀捕食螨。防治药剂可用15%哒螨灵乳油2000～3000倍液或5%尼索朗乳油1500～2000倍液。使用其他药剂应先小面积试验，以免造成药害。
2.吹绵蚧：吹绵蚧成虫、若虫群集于嫩枝、叶芽、果实上危害。受害植株叶片黄化早衰，枝梢枯萎，果实外观丑陋。防治措施：春季修剪后喷一次较高浓度的药剂，可用40%速扑杀600倍液。春梢萌发后如发生虫害，可选用40%速扑杀乳油600～1000倍液或48%乐斯本乳油1000倍液喷杀。注意开花坐果期施用速扑杀会影响坐果，严重时导致幼果畸形；施用乐斯本会导致皮层果粉褪失而影响果实外观，故应采取重点挑治的措施，避免对果实造成伤害。
3.蜗牛：蜗牛白天聚集于地面枯枝烂叶之中。雨天或湿度较大的夜间则倾巢而出侵害果实和枝叶。受害果实果粉脱失，严重影响外观，造成果品商品价值降低。防治措施：于阴雨初晴的傍晚用6%密达颗粒剂撒施在果树基部，能有效杀灭蜗牛。
4.天牛、木蠹蛾：天牛、木蠹蛾的幼虫蛀食树干、枝梢。受害植株叶片发黄，枝梢枯死。防治措施：被害枝干有2个以上向外排木屑的小孔，用注射器抽取适量敌敌畏乳油注入上部小孔，然后用湿泥堵塞上下洞口，即能闷杀害虫。
5.小果实蝇：小果实蝇系外来入侵物种。20世纪90年代末开始危害我国果蔬，也给番荔枝产业造成严重的危害。农业部门积极动员果农采取性诱剂捕杀雄虫，喷杀虫剂等防治措施，但由于番荔枝产期长，且果园分散，故成效甚微。小果实蝇成虫产卵于将成熟的果实皮内，孵化后的幼虫蛀食果实，剖开受害果实可见无数乳白色幼虫。目前虽未见报道其幼虫对人体有何危害，但也令食用者观之作呕，唯恐弃之不及，给消费者造成严重的恐惧心理。防治措施；面积较大的果园采用性诱剂诱杀雄虫，降低虫口密度；果实膨大前套袋。只有实施果实套袋措施才能确保果实不受侵害。
