饮用水中病原微生物主要危害有：
①在饮用水中存在诸如病毒和病原原生动物（隐孢子虫、贾第虫等）之类微生物，即使含量很少，只要有单个病原体进入人体，就会感染患病，这要比饮用水中存在微量有机污染物对人体的危害更大。
②随着环境和生活方式变化，人与微生物的关系也在变化。结果在通常情况下，因环境条件变化和人的抵抗力下降而使原来无病原性微生物所引起的感染症增加；即无病原性微生物变为病原体。
③来自人类粪便的病原微生物以及人、畜共患的感染症比以前有所增多。
④根据水源和饮用水中存在的病原微生物数量、特性及其危害调查研究，发现贾第虫、隐孢子虫、弯曲杆菌属及各种病毒引起水系传染病的可能性最大。
⑤世界上因饮用污染水而引起的腹泻病，估计每年使上亿人发病，每年约200万儿童死亡。综上所述，在水传染病原微生物中，通过饮用水对人类造成重大危害的有隐孢子虫、贾第虫等病原原生动物，甲肝、戊肝、脊髓灰质炎等病毒，病原大肠杆菌0157：H7.这些病原微生物的特性是个体小和抗性大，常规饮用水处理技术难以有效地去除它们，因为它们对氯化消毒都有很大的抗性而难以被去除，因此，饮用水净化技术的重点最好是以去除有机污染物和去除病原微生物（尤其是隐孢子虫等）两者并重。
