柑橘根结线虫病的远距离传播主要是带病苗木。因此，防治上应首先注意无病苗木的培育。
（1）建立专门的无病苗木基地。
选择前作为禾本科作物的耕地，在重病区选择基地时，其前作应为水稻。有病原的土地应作如下处理：①反复翻耕土壤，进行暴晒。②播种前1个月，每公顷施用3%氯唑磷（米乐尔）颗粒剂100千克（每667平方米沟施80%二溴氯丙烷3千克；将药稀释50～150倍后），开沟施药，沟深16厘米，沟距26～33厘米；施药后，覆土并踏实。新建果园定植地必须经过严格检查，如不得不使用带有病原线虫的土壤时，必须在定植前半个月用杀线虫剂进行消毒，确保使用无病苗木。
（2）病株处理和田间管理。
病苗用48℃热水浸根15分钟，可杀死根瘤中的线虫，再用40%克线磷乳油100倍液蘸根，效果较好。在1～2月份，挖除5～15厘米深处的病根烧毁，每株施15～25千克石灰，并增施农家肥；选择抗性砧木，温州蜜柑用酸橙作砧木，椪柑用红橘作砧木，很少感染根结线虫病。
（3）化学防治。
成年树2月份至3月初，可施用3%氯唑磷（米乐尔）颗粒剂100千克/公顷（每株施用80%二溴氯丙烷250倍液7.5～15千克）。施药方法：在树干基部四周，每隔33厘米分散打穴，穴深15厘米以上，穴距33厘米左右，灌药后，覆土踏实，再泼少量水。可施用3%氯唑磷（米乐尔）颗粒剂100千克/公顷。另外，防治柑橘线虫还可使用生物农药，生物杀线虫药也叫PL菌剂，是由一种能分泌出溶解线虫卵壳的几丁质酶的真菌制成。这种菌剂里的淡紫拟青霉，它能穿透柑橘线虫的卵壳，并把线虫的卵当营养全部吃掉，不仅能达到防治的效果，还减少了对土壤的污染。
