该剧是《使徒行者1》的前传。
讲述了以卓凯为首的正义力量，因一次警察被害案踏上了拯救卧底和寻找幕后黑手的征程。 并将揭开第一部结尾时被删除了卧底档案后的“欢喜哥”留下的一连串悬念。
《使徒行者2》的结尾看得出不少为第三部留下的伏线。
伏笔一：欢喜哥救乐少锋，乐少最终跟欢喜哥去泰国发展。相信第三部会解释覃欢喜怎么会回来香港。
伏笔二：大结局中魏德信会死，有一幕马明饰演的魏德信弟弟为枪械入弹，扬言要杀死徐天堂、郑淑梅、欢喜哥和卓Si，帮魏德信等家族报仇。
伏笔三：卓凯的线人娱乐城、小P、雀屎三人联合欺负卓凯，很严肃的说：“我们不干了！”原来三位是打算重考警察，再进一次警校，出来继续帮卓凯，卓凯高兴的答应了。
伏笔四：人事部送来一些资料，还要选一批卧底，已经看中了三个，叫卓凯来把把关，卓凯岔开了话题，不准备再要卧底了……
桌面上的三个警员资料，又是熟悉的面孔，他们分别是第一部中的连浩勤（沈震轩扮演）、丁小嘉（佘诗曼扮演）、薛家强（林峯扮演），难道会出现在第三部中？
