以下依照《商标法》、以及有关的法律、法规、司法解释，在商标侵权案件中结合“全面赔偿原则”，就如何确定赔偿额提出分析。
关于在商标侵权案件中，赔偿确定的依据。《商标法》第五十六条规定，侵犯商标专用权的赔偿数额，为侵权人在侵权期间因侵权所获得的利益，或者被侵权人在被侵权期间因被侵权所受到的损失，包括被侵权人为制止侵权行为所支付的合理开支。由此可见，在商标侵权案件中，确立赔偿时须要原告举证证明侵权人在侵权期间因为侵权所获得的利益，或者原告举证证明被侵权人在侵权期间因被侵权所受到的损失。这里几个问题需要说明：
第一、侵权期间如何确定。
《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》十八条，侵犯注册商标专用权的诉讼时效为二年，自商标注册人或者利害权利人知道或者应当知道侵权行为之日起计算。商标注册人或者利害关系人超过二年起诉的，如果侵权行为在起诉时仍在持续，在该注册商标专用权有效期限内，人民法院应当判决被告停止侵权行为，侵权损害赔偿数额应当自权利人向人民法院起诉之日起向前推算二年计算。根据《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》可知，侵权期间一般是2年，上述2年的起算日期是原告向有管辖权人民法院提起民事诉讼之日起。
第二、侵权人在侵权期间因侵权所获得的利益的确定。
《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十四条规定，商标法第五十六条第一款规定的侵权所获得的利益，可以根据侵权商品销售量与该商品单位利润乘积计算;该商品单位利润无法查明的，按照注册商标商品的单位利润计算。上述司法解释对于计算侵权所获得的利益，提供了两种计算方式。其一为侵权商品销售量与该商品单位利润乘积，也即用侵权商品销售量乘以侵权商品的单位利润得出的数额。其二为侵权商品销售量与注册商品的单位利润乘积，也即用侵权商品销售量乘以原告注册商标商品的单位利润得出的数额。当然使用第二种方式的前提是在侵权商品单位利润无法查明的情况下。另外，这里有一个问题没有解决，即无论是侵权商品的单位利润还是注册商标商品的单位利润中的“利润”，有销售利润、营业利润和净利润之分，很显然上述利润逐级递减。那么究竟适用那个利润作为计算基础呢?
2007年4月25日，最高人民法院在雅马哈发动机株式会社诉浙江华田工业有限公司、南京联润汽车摩托车销售有限公司、台州华田摩托车销售有限公司和台州嘉吉摩托车销售有限公司侵犯“雅哈”及“yamaha”注册商标专用权终审民事判决书中，认为“《最高人民法院关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》第二十条第三款规定，侵权人因侵权所获得的利益一般按照侵权人的营业利润计算，对于完全以侵权为业的侵权人，可以按照销售利润计算。该规定在计算相关问题时，可以作为参照。本案雅马哈发动机株式会社主张以侵权获利来确定赔偿额，计算的是营业利润，并非销售利润和净利润，已扣除相关的产品销售税金及附加、销售费用、管理费用和财务费用，无需扣除企业的所得税。因台州华田摩托车销售有限公司、台州嘉吉摩托车销售有限公司拒绝向原审法院提交营业利润和成本的相关证据，也未向本院提出上诉请求，故浙江华田工业有限公司关于雅马哈发动机株式会社主张的计算方法未扣除经营成本、所得税等费用的上诉理由，本院不予支持”。
根据上述最高人民法院民事判决可知侵权损害赔偿中的利润，一般是营业利润，而对于那些以侵权为业的以销售利润为准。很显然，这样计算表明了对于故意实施商标侵权行为的惩罚倾向。
第三、被侵权人在侵权期间因侵权所遭受的损失。
《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十五条规定，商标法第五十六条第一款规定的因被侵权所受到的损失，可以根据权利人因侵权所造成商品销售减少量或者侵权商品销售量与该注册商标商品的单位利润乘积计算。由此可见，关于被侵权人所遭受的损失，上述司法解释也提供了两种计算方式。其中之一就是以被侵权人因为侵权所造成商品销售减少量乘以被侵权人注册商标商品的单位利润所得出的乘积;其中之二就是以侵权商品销售量乘以被侵权人注册商标商品的单位利润所得出的乘积。
就第二种计算方式与第三种计算方式比较可见，针对同样的案件，采用不同的计算方式就会得出不同的赔偿数额。例如，在一侵权案件中，被告生产了侵权商品共500件，侵权商品单位利润为10元，注册商标商品单位利润为12元。原告因为被告侵权销售减少100件。在上述例证中，采取不同的选择标准，会有不同的赔偿结果。以下逐一计算，首先以所获利益为计算原则计算，有两种计算方式，第一是用侵权商品销售量乘以侵权商品的单位利润得出的数额，即500×10=5000;第二假如侵权商品单位利润无法计算，则用侵权商品销售量乘以原告注册商标商品的单位利润得出的数额，即500×12=6000元。其次以遭受损失为计算原则计算，也有两种计算方式，第一是以被侵权人因为侵权所造成商品销售减少量乘以被侵权人注册商标商品的单位利润所得出的乘积，即100×12=1200，第二是以侵权商品销售量乘以被侵权人注册商标商品的单位利润所得出的乘积，即500×12=6000元。
很显然，上述计算方式中，以侵权商品销售量乘以被侵权人注册商标商品的单位利润所得出的乘积为最高。而《商标法》第五十六条对于被侵权人所获利益以及侵权人遭受损失的规定，属于选择性质的，即原告可以选择以所获利益作为计算标准，也可以选择以遭受损失为计算标准。在上述例证中，以所获利益作为计算标准，原告可以获得5000元或6000元的赔偿，但是原告获得6000元赔偿的前提是被告侵权商品单位利润无法核算;而在上述例证中，以遭受损失作为计算标准，原告可以获得1200元或6000元的赔偿，但是上述赔偿的计算取决于原告的选择。故，上述例证表明不同的计算方式会得出差异很大的赔偿结果，因此这就是为什么《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十三条规定“依据商标法第五十六条第一款的规定确定侵权人的赔偿责任时，可以根据权利人选择的计算方法计算赔偿数额”的原因。即在商标侵权案件中，为了获得更大的赔偿额，原告可以选择被侵权人在侵权期间因侵权所遭受的损失，并采用以侵权商品数量与注册商标商品单位利润乘积为的计算方式。
第四、法定赔偿的确定。
《商标法》第五十六条第二款规定，前款所称侵权人因侵权所得利益，或者被侵权人因被侵权所受损失难以确定的，由人民法院根据侵权行为的情节判决给予五十万元以下的赔偿。上述五十万的赔偿如何确定，《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》十六条第二款规定，人民法院在确定赔偿数额时，应当考虑侵权行为的性质、期间、后果，商标的声誉，商标使用许可费的数额，商标使用许可的种类、时间、范围及制止侵权行为的合理开支等因素综合确定。
2007年2月最高人民法院在无锡召开了2006年度全国知识产权审判工作会议上提出“对于难以证明侵权受损或侵权获利的具体数额，但有证据证明前述数额明显超过法定赔偿最高限额的，不适用法定赔偿额的计算方法，应当综合全案的证据情况，在50万元以上合理确定赔偿额。在依据法定赔偿方法确定赔偿责任或依据其他方法确定赔偿责任需要酌定具体计算因素时，可以考虑当事人的主观过错大小确定相应的赔偿责任”。由此可见，对于《商标法》五十六条所确定的法定赔偿，司法机关的态度是既要尊重法律、也要尊重客观事实。这也就是为什么在有些知识产权侵权案件中，原告明确适用法定赔偿原则的前提下，最后实际的赔偿额超过了50万。
第五、对于商标侵权中的故意侵权，不仅仅应当适用“全面赔偿原则”，而且应当对于侵权人给予一定的民事制裁。
2007年4月25日，最高人民法院在雅马哈发动机株式会社诉浙江华田工业有限公司、南京联润汽车摩托车销售有限公司、台州华田摩托车销售有限公司和台州嘉吉摩托车销售有限公司侵犯“雅马哈”及“yamaha”注册商标专用权二审民事判决书中，认为“鉴于浙江华田工业有限公司侵权故意较为明显，且在原审法院和本院审理期间，均未提供完整的财务资料，原审法院据此推定雅马哈发动机株式会社主张的赔偿数额成立并无不妥。因本案侵权产品的单位利润和侵权所得利益能够查清，浙江华田工业有限公司关于本案应当适用侵权产品数量乘以注册商标产品利润的计算方法或者适用50万元以下赔偿的上诉请求，无事实和法律依据，本院不予支持”。根据上述最高人民法院的民事判决书可知，对于那些故意实施商标侵权行为，司法机关可以根据案件情况将有关侵权商品销售数量以及侵权商品单位利润等举证责任部分转移给被告，在被告拒绝举证的前提下，被告应当承担举证不能的不利后果。
