日本三年签证没有去指定的地方，会留下不良记录么

不会。但是日本三年签是要求在东北六县（今年5月放宽）外加冲绳居住至少一晚，如果你没有在要求的地点住宿并开具住宿证明，无法激活你的三年签。你可以简单理解为三年签首次出签相当于一个个签，有效期3个月内必须入境日本一次，且第一次停留时间为15天，只有按要求到指定地点住宿并开具证明，回归交于使馆后才算激活。所以你不去要求的地点住宿不会有责任的，也不会留下不良记录，只是你用三年签的资源办了一次个签而已。实际上即便你忘开住宿证明或根本没去相应地点住宿，有些旅行社也能补开证明激活你的三年签的。