纽约市是由五个区（boroughs）组成，然而从另一个行政角度划分的话，市又分别由五个县组合（和五个区的边界分别相同），这点和美国其他地方“县大于市”的情况不同： 纽约县——曼哈顿区 布朗克斯县——布朗克斯区 国王县——布鲁克林区 皇后县——皇后区 瑞奇蒙县——史泰登岛 纽约县和曼哈顿区的边界相同，隶属纽约市（但县之下并无更细的行政区划分）。面积包括整个曼哈顿岛（Manhattan Island），东河（East River）、哈莱姆河（Harlem River）与哈得孙河环绕。也包括一些小岛，如罗斯福岛（Roosevelt Island，以前叫做“Welfare岛”，再之前叫做“Blackwell岛”）、吴丹岛（U Thant Island，官方名字为“Belmont岛”）以及北美大陆的一小部分（Marble Hill），和布朗克斯区接壤。Marble Hill原来是曼哈顿岛的一部分，不过在19世纪末期，为了改善哈莱姆河航运修建了哈莱姆运河，将这个地区与曼哈顿岛分离开来。最后，原来在这部分和布朗克斯之间的渠道也被填平，使其和大陆相连。
曼哈顿岛长21.5千米，最宽处为3.7千米。美国人口调查局数据表明，纽约县（即曼哈顿区）总面积为87.5平方千米：59.5平方千米为土地，28.0平方千米为水域；水域占全部面积的32.01%。
曼哈顿西邻新泽西州，东北方是布朗克斯区，东面和南面的布鲁克林区和皇后区均位于长岛；它通过桥梁和隧道等与这些地方相连。曼哈顿和史泰登岛之间唯一的直接连接是经由渡轮完成。
