甘肃省食品药品监督管理局设9个内设机构： 全称：甘肃省食品药品监督管理局稽查局
主要职责 受理、登记群众举报、投诉及有关部门移送的药品、医疗器械、保健品、化妆品等案件；
负责办理药品、医疗器械、保健品、化妆品等案件的立案调查取证和移送工作；
依法查处生产、销售、使用假劣药品、医疗器械、保健品、化妆品等的违法行为和责任人；
负责办理甘肃省内药品、医疗器械、保健品、化妆品等重大复杂案件和跨地区案件；
负责国家食品药品监督管理局督办案件、外省涉甘药品、医疗器械、保健品、化妆品等的协查工作。 全称：甘肃省食品药品检验所。
主要职责：
承担辖区内药品的监督检验、注册检验、强制检验、复验和委托检验等工作；
承担省局委托的辖区内药品的抽验计划的组织实施工作；
承担国家和本辖区药品计划抽验的抽验和检验工作；
提供辖区内药品质量公告所需的技术数据和质量分析报告；
承担国家药品标准的起草、修订及药品注册试行标准转正的有关技术复核和检验工作；
承担国家食品药品监督管理局和省食品药品监督管理局指定或规定的申请注册药品的技术资料审查、复核和检验工作，并提出复核意见；
经过国家食品药品监督管理局授权，承担西北五省区生物制品的检验和批签发工作；
承担全国中药材市场专项检查抽验；
承担国家食品药品监督管理局或省食品药品监督管理局下达的药用辅料和药包材的标准复核和检验工作；
协助省食品药品监督管理局对下一级药品检验所进行检验项目的资格认定等工作；
承担我省药品检验机构业务技术工作的指导、检查和协调工作；
开展药品质量标准、检验方法、标准物质与药品质量分析相关的研究工作及与药品安全性、有效性相关的研究工作；
开展对辖区内药品生产、经营企业、医疗机构检验部门的业务指导和培训工作；
负责收集、整理、综合上报和反馈辖区内药品质量信息；承担国家食品药品监督管理局和省食品药品监督管理局交办的其他工作。 全称：甘肃省药品医疗器械安全监测与评价中心。
主要职责 配合甘肃省食品药品监督管理局完成国家食品药品监督管理局下达的抽验任务；
承担甘肃省食药监局、甘肃省技监局下达的监督抽验和评价性抽验任务
注册检验；
委托检验；
标准起草与复核；
仲裁检验；
配合甘肃省食药监局质量监督检查等。
