现有1个总馆，3个分馆，20个专业馆。总面积52000平方米，阅览座位5066席，藏书总量300万册，各类数据库40余种。至2013年4月设有8部一室。包括：文献编目部、流通阅览部、综合工作部、信息咨询部、技术服务部、特藏部、读者服务部、文献资源建设部和行政办公室。拥有2个站点、3个中心、2个成员馆：新疆维吾尔自治区科技查新站、国家科技图书文献中心（NSTL）新疆生产建设兵团服务站、新疆生产建设兵团知识产权信息中心、地方专利信息服务中心、大学数字图书馆国际合作计划（CADAL）新疆兵团服务中心，中国高等教育文献保障系统（CALIS）成员馆、中国高校人文社会科学文献中心（CASHL）成员馆。
根据石河子大学拥有的农、医、工、经、管、文、理、法、教、史十大学科的设置与专业特点，图书馆在保证重点、照顾一般的原则下，所订书刊基本满足了全校师生教学、科研的需要。石河子大学图书馆馆藏中、外文书刊300万余册，年订中、外文期刊3000余种、报纸180种，购入万方、维普、CNKI、Springer LINK、SDOS等中外文电子图书、期刊数据库等数字资源40余种，自建了《新疆棉花植保数据库》和《石河子大学学位论文数据库》；并与国内1000多个单位建立了资料交换关系；馆内珍藏有《四库全书》、《传世藏书》、《中华再造善本》等多部珍贵文献。
石河子大学图书馆于2011年3月成立特藏部，由原兵团资料文库和古籍文献书库合并组建，增加了中亚文献及珍藏文献资源。按照学校“立足兵团、服务新疆、面向全国、辐射中亚”的办学定位，特藏部在为大学科研服务的同时，将保藏和传承各地文献的历史使命作为自己的责任和义务。成立以来，特藏部对新疆兵团文献、新疆屯垦戍边文献、中亚文献、古籍文献的收集、整理、开发利用及保护做了大量的基础性工作，并将藏书特色定位为“兵团文献、中亚文献为主，古籍文献及珍稀文献为辅”。
