（一）办公室
综合协调局机关政务、事务工作；负责组织实施教育政策法规；负责本局重要会议的组织并督办落实；负责文秘、档案、保密、信访、保卫及局机关后勤行政管理工作；负责教育系统与外国和香港、澳门特别行政区和台湾地区的教育交流、学术交流与合作；负责本局外事的接待工作。
（二）督导室（挂市人民政府教育督导室牌子）
制订教育督导工作计划与督导评估方案标准；对全市贯彻执行教育法律、法规和方针、政策情况进行检查；对下级人民政府及有关职能部门履行教育职责的情况进行督导检查；对全市“两基”巩固提高工作进行督导检查；对全市中等和中等以下学校教育工作督导检查评估；保障素质教育的实施和教育目标的实现。
（三）人事科
负责局机关和直属单位人事管理工作；指导学校人事、劳动工资等工作；指导师范类毕业生就业工作；负责教师资格认定和贯彻《教师资格条例》的有关工作；负责指导学校教师专业技术资格评审工作；指导管理老干部工作；承办直属单位领导干部的考核任免（聘任）工作；负责外籍教师的引进与管理工作。
（四）直属机关党委办公室（纪监室与其合署办公）
负责局机关和指导直属单位党务、工、青、妇、思想政治工作和精神文明建设。
（五）计划财务科（基建科与其合署办公）
拟订教育事业发展的中长期规划和年度指导计划；管理市级教育经费；会同有关部门拟定筹措教育经费、教育拨款、教育基建投资、教育收费的政策和规定；监督各级财政拨款的执行情况；指导本系统基本建设工作和直属学校的基建规划建设和财务管理；负责教育统计、信息工作。
（六）中小学教育科（同时挂“体育卫生科”、“幼教科”、牌子）
综合管理中小学和学前教育工作；指导推动九年义务教育的实施；指导管理中小学、幼儿园和特殊教育的学制、教学计划等行政管理工作及基础教育阶段招生录取工作；指导社会力量举办基础教育及教育机构工作。组织协调中小学校教育信息化工作；指导学校的体育、卫生和健康教育；指导学校体育、卫生教育的基础设施建设。
（七）教师继续教育科（同时挂市语言文字工作委员会办公室牌子）
统筹协调指导中小学教师培养、培训工作；指导与实施中小学教师的继续教育工作；负责语言文字和推广普通话工作；承担市语言文字工作委员会的日常工作。
（八）大中专学校管理办公室（同时挂“职业与成人教育科”牌子）
统筹管理高等教育、普通及成人中等职业学历教育；成人文化技术教育和社区文化教育；组织相关的教育质量与办学水平的评估；负责中等职业技术学校学籍的宏观管理和学历证书的管理；指导中等技术学校的布局调整和加强中等职业技术学校的基础设施建设；指导实施扫除文盲和农民文化技术教育；管理社会力量举办的高中及高中以下的成人教育；指导协调城市、农村教育综合改革实验和组织实施“燎原计划”工作。
（九）教研室
研究教学规律，指导全市中小学教学工作；检查教学质量，总结推广先进教学经验；开展教研教改和教学评优活动；组织申报教育科研课题与优秀科研成果评选；办好《惠州教育》，组织编写和选用教材，开展教科研交流；组织对学科教学的检查和质量评估。
(十)考试中心
负责全市中考、高中毕业会考、普通高考、成人高考、自学考试、英语等级考试、计算机等级考试、各类职业课程证书考试、毕业证认证考试工作和学籍管理；普通高等中专学校招生工作；指导考生填报升学志愿；普通高考新生录取工作；招生工作统计分析；编印《普通高考、中考报考指南》。
(十一)勤工俭学办公室
制定和实施勤工俭学计划，指导学校勤工俭学工作；对学生劳动基地的建设、校办企业（厂、场）的经营等进行指导与管理；推进中、初等学校的后勤社会化改革；学校卫生工作；局机关的后勤管理和安全保卫工作。
(十二) 电教仪器站、信息中心
负责教育技术装备、教育信息化和图书馆(室)建设等工作；学校实验室、仪器室、电教室等各类功能教室及其配套设施设备的建设与管理等工作；推广现代教育技术、教育信息化和网络信息安全技术；完善教育数码网及各类信息应用平台的建设。
（十三）德育科
制定和实施全市中小学德育工作规划；指导学校开展德育工作；开展各种德育评优活动；开展中小学生国防教育、法制教育、安全教育、禁毒等工作；指导学生参与社会实践活动；指导学校精神文明建设、校园文化建设和学生心理健康教育工作。
（十四）民办教育管理科
制定和实施全市民办教育发展规划；审批审核民办学校及其他民办教育机构的筹建、设立、变更、终止、审计等事项；负责监督和协调管理民办学校及其他民办教育机构依法办学，并对其进行检查、评估、考核和业务指导。
（十五）安全办
指导全市中小学校、幼儿园的消防、交通、校园周边环境治理及在教育教学活动中的安全管理工作；组织协调学校安全事故应急救援工作；对学校安全管理工作进行监督、检查、评估，并开展安全宣传教育活动；组织安全大检查和安全工作专项指导。
（十六）纪检监察室
落实党风廉政建设和反腐败工作；调查处理管辖范围内监察对象违反党纪政纪的案件，受理控告及申诉，对违纪违法行为进行核实和处理；完成市纪委（市监察局）交办的工作；局机关及直属单位的审计及监察工作。
（十七）教育服务大厅
负责管理群众来信来访工作；安排、落实局长接待日活动；协助教育重大事项的听证事宜；受理群众咨询、投诉及查处的通报工作。
