细胞型微生物分类：
原核细胞（以下是原核细胞分类）
* 细菌（狭义）
* 放线菌
* 蓝细菌
* 支原体
* 立克次氏体
* 衣原体
* 螺旋体
真核细胞
非细胞性微生物分类：
病毒
亚病毒
* 括类病毒
* 拟病毒
* 朊病毒
原核细胞微生物：
指没有真正细胞核（即核质和细胞质之间没有明显核膜）的细胞型微生物。是最小的一类微生物。无典型的细胞结构,染色体仅为单个裸露的DNA分子，无核膜和核仁。细胞壁由肽聚糖构成，缺乏完整的细胞器。
真核细胞微生物：
真核细胞型微生物:指具有真正细胞核（即核质和细胞质之间存在明显核膜）的细胞型微生物。原核细胞型微生物具备原始细胞核,呈裸露DNA环状结构,无核膜,核仁.细胞器很不完善,只有核糖体,两类核酸同时存在,这类微生物包括细菌,支原体,衣原体,立克次体,螺旋体和放线菌.
非细胞性微生物：
非细胞型微生物是结构最简单和最小的微生物，它体积微小，能通过除菌滤器，没有典型的细胞结构，无产生能量的酶系统，只能在宿主活细胞内生长增殖的微生物。这种微生物仅有一种核酸类型，即由DNA或RNA构成核心，外披蛋白质衣壳，有的甚至仅有一种核酸不含蛋白质，或仅含蛋白质而没有核酸。如病毒(virus)、亚病毒(subvirus)、朊粒(prion)。
