1、培养目标不同
药学专业培养具备药学学科基本理论、基本知识和实验技能，能在药品生产、检验、流通、使用和研究与开发领域从事鉴定、药物设计、一般药物制剂及临床合理用药等方面工作的高级科学技术人才。
药学专业学生主要学习药学各主要分支学科的基本理论和基本知识，受到药学实验方法和技能的基本训练，具有药物制备、质量控制评价及指导合理用药的基本能力。
临床医学专业学生主要学习医学方面的基础理论和基本知识，受到人类疾病的诊断、治疗、预防方面的基本训练．具有对人类疾病的病因、发病机制作出分类鉴别的能力。
2、课程设置不同
药学专业：
主要课程：马克思主义基本原理、思想道德修养、法律基础、大学英语、高等数学、医用物理学、计算机基础、形态学概论、生理学、细胞生物学、分子生物学、医学免疫学、病理生理学、医学微生物学、无机化学、有机化学、生物化学、定量分析、仪器分析、物理化学、基础化学实验、药物化学、天然药物化学、药剂学、药物分析、药理学、毒理学基础、药物的波谱解析、药事管理学、专业技能实验等。
主要实践性教学环节：包括生产实习、毕业论文设计等，一般安排22周左右。
临床医学专业：
人体解剖学、组织学与胚胎学、生物化学、神经生物学、生理学、医学微生物学、医学免疫学、病理学、药理学、人体形态学实验、医学生物学实验、医学机能学实验、病原生物学与免疫学实验、诊断学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学；循证医学、卫生法学、医学伦理学、医学心理学、医患沟通与技巧；马克思主义基本原理、思想道德修养；英语、高等数学、医用物理学、化学等。
主要实践性教学环节：毕业实习安排一般不少于48周。
3、就业方向不同
药学专业的毕业生具有较全面的综合素质和较强的持续发展能力，毕业后能够从事与药物合成、药物制剂、药物检验、药品生产与营销、新药研制开发与质量控制等工作以及与药学研究、管理和教学有关的工作。
临床医学专业的毕业生具有较全面的综合素质、较好的学习能力、较强的处理临床实际问题能力和初步的科研能力。毕业后可以在医疗卫生机构从事临床各科的医疗、预防工作及医学教学和研究工作。
参考资料：百度百科-药学专业
参考资料：百度百科-临床医学专业
