迪路兽在第三集中装甲进化成尼菲迪兽，在第三十一集中与亚古拉兽和体进化是人面战鹰兽，在第四十一集中超进化成天女兽，在剧场版中究极进化成圣龙兽（神圣飞洋兽）。
巴达兽在第三集中装甲进化成天马兽，在第三十六集与战甲兽和体进化成古神兽，在第七集中普通进化成天使兽，在第三十四集中天使兽继续向上进化成神圣天使兽。
麻鹰兽在第二集中用爱心装甲进化成铁鹰兽，在第十四集中用纯真装甲进化成忍者兽，在第二十五集中普通进化成亚古拉兽，在第三十一集中与迪路兽和体进化成人面战鹰兽。
穿山兽在第二集中用知识装甲进化成钢钻兽，在第十六集中用诚实装甲进化成潜鲨兽，在第三十六集中和天使兽和体进化成古神兽。
V仔兽在第一集中用勇气装甲进化成烈焰兽，在第十一集中用友谊装甲进化成雷龙兽，在二十集中用奇迹装甲进化成金甲龙兽，在第二十六集中与飞虫兽和体进化成机甲龙兽，在三十九集中从机甲龙兽进化成帝皇龙甲兽，在四十三集中帝皇龙甲兽变成了作战形态。
虫虫兽在三十六集中进化成飞虫兽，在二十六集中与V仔兽EX和体进化成机甲龙兽,在三十九集中从机甲龙兽进化成帝皇龙甲兽，在四十三集中帝皇龙甲兽变成了作战形态。
第 一 话 勇气的继承者
太一等人的冒险已经过去三年了——高石武搬到了御台场，今天是他上小学五年级的第一天，他在上学途中分别遇到井上京、火田伊织、本宫大辅和八神光。太一突然收到亚古兽发来的紧急信号，然后他进入了数码世界。亚古兽不能进化，他们被迫躲到山洞里，发现了一个有勇气徽章图样的东西。太一走过去，就有三道光射出，原来分别是大辅、小京和伊织的新型暴龙机。大辅于是进入数码世界，并轻易举起太一用尽力气也拔不出的“数码装甲”，大辅的搭档V仔兽也同时诞生了。V仔兽让大辅叫“数码装甲升级！”使自己装甲进化成烈焰兽，打碎了角龙兽身上的邪恶环，使其恢复本性。战斗结束后，太一将自己的太阳眼镜送给了大辅。
第 二 话 数码世界大门打开
小京和伊织决定第二天去数码世界。当天晚上，太一等人商量和大家去数码世界，但美美去了美国，阿和与阿丈都没空。第二天，大家一起进入了数码世界，不久就遭到操纵着邪恶环的暴龙改造者的袭击。大辅与V仔兽均被捉去。大家来到一座山上的建筑物里，发现了爱心和知识的装甲。小空和光子郎拔不起来，便引导小京和伊织去拔。装甲成功被拿起，小京的搭档麻鹰兽以及伊织的拍档穿山兽诞生，分别用爱心和知识装甲进化成铁鹰兽和钢钻兽，救出了大辅并成功将被操纵的数码暴龙们的邪恶环打碎。
第 三 话 装甲进化
小京带来零食，除迪路兽外的四只数码暴龙都对其反应强烈。大家在等伊织的时候看电视，看到无论智力和体能都非常优秀的天才少年一乘寺贤。伊织来到后，大家准备进入数码世界。在数码世界里，暴龙改造者又用邪恶环控制同种数码暴龙，让它们打斗以此来取乐。突然，他的黑暗暴龙机有了反应，便骑着巨龙兽去攻击大辅他们。在战斗中，暴龙改造者以多打少，集中进攻不能进化的巴达兽和迪路兽的战术占上风。于是伊织和阿武、小光去找数码装甲。他们找到以后，阿武和小光的暴龙机自动升级成为新型暴龙机，并拿起希望和光明的装甲。巴达兽和迪路兽分别装甲进化成天马兽和尼菲迪兽，合力将所有巨龙兽的邪恶环打碎。
第七话 小光的记忆
大家破坏了一座座黑暗塔。这天，大家来到守卫兽的地域，开始由于体力不足被迫撤退。但是一只守卫兽在小光进入之前打烂了电视，小光被迫留在数码世界。大辅与阿武决定返回数码世界救小光。巴达兽在结界外进化成天使兽，但进去后又退化了。大辅很嫉妒，硬要V仔兽进化成什么“超级天使兽”。当他们发现小光时，被邪恶环控制的安杜路兽出现。即使铁鹰兽和钢钻兽增援都不敌它。后来，安杜路兽分别认出大辅带着的太一送的太阳眼镜、太一以及小光，以前的记忆使邪恶环的力量消失。大家回去后，见到光子郎后，得知新型暴龙机名叫D3暴龙机。
第十一话 蓝色闪电，雷龙兽
大家继续前进追赶暴龙改造者，太一让大家要尽全力攻击机械暴龙兽。大辅不解，太一告诉他打架可以增进友情，他就更不解了。他们发现友情的装甲，于是尝试拔起来，没有人成功。突然黄蜂兽攻击他们，而且捉走巴达兽。暴龙改造者出现并想将邪恶螺旋环套在巴达兽身上，幸好加鲁鲁兽出现，救下巴达兽。众人便向机械暴龙兽展开攻击，只有大辅始终不敢攻击，烈焰兽被迫退化。最后，大辅觉醒，使友情装甲自动飞到大辅手里。V仔兽装甲进化成雷龙兽，与大辅并肩作战，终于将机械暴龙兽的邪恶螺旋环打碎，亚古兽又回到了太一身边。
第十四话 疾风，忍者兽
光子郎正在电脑室思索小光的事，突然发现美国的数码大门打开了，于是立即通知美美。大辅他们来到蛋蛋兽餐厅吃饭，却没有美金支付。老板蛋蛋兽要他们用劳力代替。阿武想起它就是三年前逼哥哥与阿丈工作的蛋蛋兽。这时美美和一个叫米高的美国被选中的孩子来到付帐。蛋蛋兽说自己已经改邪归正，除小京外所有人都相信它。突然金刚兽来攻击他们，蛋蛋兽奋力挡住攻击，弹出很远。米高的搭档比特兽进化成海龙兽和仙人掌兽弄掉金刚兽身上的邪恶螺旋环。突然蛋蛋兽掉下来，并攻击大家。美美坚信它是被控制的，使小京终于忍不住说出自己原来就怀疑蛋蛋兽。此时纯真装甲突然出现，麻鹰兽装甲进化成忍者兽，终于发现并打碎了蛋蛋兽身上的邪恶螺旋环。
第十六话 逃出海底，潜鲨兽
大家由于发现装甲而进入海底却被受到控制的超海龙兽而被困在海底。由于空气有限，大家让伊织坐紧急脱出小艇去叫阿丈来救他们。伊织碰到爷爷，因为不想说出出去的原因，爷爷就教育他不要说谎。阿丈在考试，伊织被迫说谎让阿丈出来，自己的良心受到谴责。到了数码世界，大家让伊织拿起刚找到的装甲，伊织不肯。在阿丈的鼓励下，伊织最终拿起装甲，让穿山兽装甲进化成潜鲨兽，与海狮兽一起打碎了超海龙兽的邪恶螺旋环。伊织终于懂得了善意的谎言是对的这个道理。事情结束后，潜鲨兽带伊织参观了海底。
第二十话 奇迹的进化，黄金的金甲龙兽
基米拉兽到处破坏，暴龙改造者的基地就跟在后面。大辅他们利用火焰的掩护进入基地，准备破坏动力室。暴龙改造者叫基米拉兽回来攻击大辅他们。它强大的攻击力即使避过攻击仍然会被气浪弹开。很快，数码暴龙们都退化了，而且大辅、小京、伊织的数码暴龙都退化成了幼年期。暴龙改造者十分惊奇，命令基米拉兽停止攻击。大家趁机去了动力室，暴龙改造者又叫基米拉兽攻击，它却没有听从而离开了。虫虫兽为了使一乘寺贤恢复善良，带大辅进入了动力室。原来动力室是由奇迹装甲提供动力的。它的光辉不但使豆丁兽立即进化成V仔兽，而且自动落到大辅手里，此时V仔兽装甲进化成金甲龙兽，放出奇迹的光辉。
第二十二话 豪勇进化，XV仔兽
大辅与阿武打篮球，小光为阿武加油，而大辅却频频出洋相，巴达兽则与迪路兽一起跳舞。大家来到数码世界开始重建数码世界，大辅希望和小光感情更好些，而V仔兽则希望和迪路兽感情更好些，于是大辅要求V仔兽进化成成熟期。他让鼻涕兽与红鼻屎兽们扮成敌人，希望V仔兽能为了救他而进化，但是弄巧成拙。后来他们遇到多达兽，被它追击。就在千钧一发之际，V仔兽终于进化成XV仔兽，打败了多达兽。
第二十四话 大地装甲，战甲兽
伊织一直无法原谅一乘寺贤以前的所作所为，此时的小贤因为父母非常高兴而硬吃了很多饭。晚上，一个神秘的女子突然出现在小贤的房间里……第二天，在数码世界当V仔兽和巴达兽试图进化时都失败了，阿武怀疑是黑暗之塔的功能再次启动。突然伊织被身上无邪恶环和邪恶螺旋环的闪电球兽袭击，穿山兽适时进化成了战甲兽，大家觉得非常奇怪。后来，一只神秘的数码暴龙出现救下伊织并干掉了闪电球兽，原来他是由虫虫兽进化而来的。伊织通过这件事发现了一些东西……
第二十五话 天空骑士，亚古拉兽
在伊织危险时拯救他的谜之数码暴龙就是虫虫兽进化而成的飞虫兽。大辅相信小贤已经改过自身，努力地要令小贤成为同伴，但是小京等同伴的反应则很冷淡。大家内心的某处都仍然不太相信小贤。就在那时，在数码世界的美美传来了求救信号。突然出现的高力兽正开始要破坏水坝。为了阻止高力兽，小京他们立即出动前往数码世界。但是高力兽对小京他们零星的攻击无所畏惧。为了守护下游的镇一定要认真地攻击……就像小贤要消灭闪电球兽那样！不能打倒高力兽，也就不能守謢水霸，小京为此十分苦恼。小贤的到来使她终于领悟，麻鹰兽也进化成亚古拉兽，在大家合力下，终于打倒了高力兽。
第二十六话 合体进化，化敌为友
被小贤消灭的数码暴龙原来是由神秘女人利用黑暗之塔所变成的。小贤就以前作为暴龙改造者时的行为重新向孩子们道歉，但拒绝了大辅的邀请成为同伴而独自离去。他希望一力承担自己的罪孽……孩子们继续重建数码世界的工作，但对于逐渐明朗化的事实就不能整理好心情。但是那些追击他们的数码暴龙……新的危机正向数码世界迫近。原来是暴龙改造者的基地中的黑暗力量将会发生大爆炸！为了阻止爆炸，需要知道善良徽章，大辅发E-mail叫小贤来，但是却没有回音。虽然伊织他们仍不能信任小贤，但大辅仍然继续等待小贤。最后他终于赶到，然后两个人的心互相重迭，奇迹的进化就发生了，V仔兽EX与飞虫兽合体进化成了完全体的机甲龙兽。
第三十一话 爱的风暴，人面战鹰兽
黑暗战斗暴龙兽在寻找对手战斗，亚基利兽则追踪它。大辅他们来到数码世界，迪路兽发现那里是她丢失神圣环的地方，于是大家便去寻找。小贤突然看到黑暗海，于是大叫。小光和小京发现了他，三人突然进入奇怪的地方。大辅与V仔兽居然能穿过他们的身体，原来他们所处世界的次元不同。小京他们来到山崖，发现类似神圣环的东西发光，小京与小光为了捡它掉了下去。麻鹰兽不能进化，使小京以为再也上不去而发脾气。小光打了她一耳光，使她冷静了下来。上去后，小光和小贤又看见了黑暗海，而且亚基利兽用黑暗塔造出暴罗刹兽,它十分厉害。小光十分绝望，无法冷静下来，小京也打了她一耳光，并鼓励她。两人心意合一，使亚古拉兽与迪路兽合体进化成人面战鹰兽，打败了暴罗刹兽并回到了原来的世界。
第三十四话 保护神圣之石所在地
黑暗战斗暴龙兽又破坏了一块神圣石，突然出现了一个痛苦挣扎的身影，黑暗战斗暴龙兽觉得那只数码暴龙就是它要寻找的目标。阿武非常愤怒，使伊织觉得很困惑。第二天，大辅他们先于黑暗战斗暴龙兽找到神圣石，但是亚基利兽和木乃伊兽却来攻击。天使兽被黑暗战斗暴龙兽打败，突然神圣石发光，使天使兽超进化成神圣天使兽，打算用天国之门将黑暗战斗暴龙兽吸走。黑暗战斗暴龙兽用盖亚能量炮一击打碎神圣石，使神圣天使兽退化，天国之门消失。那个身影又再次出现……
第三十六话 钢之天使，古神兽
黑暗战斗暴龙兽仍在寻找最后一块神圣石，而亚基利兽和大辅他们先后来到中华街的美食店。由于飞虫兽没来到，而亚古拉兽和迪路兽体力又不足，所以不能进行合体进化。幸好老板蛋蛋兽逃走，亚基利兽它们想知道汤料是什么而离开了。伊织下定决心改变自己而叫大家吃拉面补充体力。木乃伊兽发现了汤料所在的池子，在喝了以后突然神圣石从池子里出来了。黑暗战斗暴龙兽和大辅他们也同时发现。在前两对组合合体进化以后，天使兽和战甲兽也成功合体进化成古神兽，三只完全体数码暴龙一起对抗黑暗战斗暴龙兽！
第三十九话 总动员出击，帝皇龙甲兽
数码暴龙再次出现在现实世界，而且在日本各地都有！大辅听到小贤住的地方有数码暴龙出现，便决定单独去接小贤。三头龙兽出现在那里，大辅赶到后破坏黑暗塔并让机甲龙兽去与三头龙兽战斗。然而三头龙兽非常强大，机甲龙兽被打得毫无还手之力。这时，变年轻的加来出现在众孩子面前，并拿出青龙兽身上的一颗数码珠，放出神圣力量，大家都可以进化成完全体，并且机甲龙兽还进化成帝皇龙甲兽，终于将三头龙兽打败送回数码世界。接着，帝皇龙甲兽又到了日本各地，在半小时内将日本的所有数码暴龙都送回数码世界。全世界的数码大门都打开了，加来告诉大家只有D3暴龙机才能将大门打开，于是12个孩子将分别到6个地方，与全世界被选中的孩子一起将数码暴龙送回去。
第四十话 纽约香港大混战
帝皇龙甲兽将大家送到该去的地方后，到指定的地点退化。大辅来到纽约见到美美和加来的复制人，其他被选中的孩子则将数码暴龙带到指定的地方。祖利兽突然发狂，花仙兽、V仔兽EX以及其他被选中孩子的数码暴龙一起攻击，终于制服了祖利兽。大辅打开数码大门，将数码暴龙送回了数码世界。在香港，光子郎和小光见到拥有八爪鱼兽的三兄弟，准备在九龙公园将由亚洲被选中的孩子送过来的数码暴龙送回数码世界。但是在穿越中国国境时受到阻拦，大家想出办法证明数码暴龙们是有智慧的，终于安全通过。小光他们的任务也完成了。
第四十三话 究极魔兽军团袭来
小贤睡觉时梦见自己被植入黑暗种子的情景，醒来后就埋怨自己为什么记不起以前的事。后来，女恶魔兽、海魔兽、丧尸撒旦兽出现在现实世界，孩子们的数码暴龙与它们苦战。最后，所有完全体数码暴龙被丧尸撒旦兽打倒，而帝皇龙甲兽也被封印住不能动弹。光子郎明白到亚古兽他们不适应现实世界的生活，于是它们将力量给帝皇龙甲兽后，回到了数码世界。帝皇龙甲兽变身成为战士形态，一击打倒丧尸撒旦兽。这时，究极魔兽出现，但亚基利兽却在所有人的眼皮底下以许多被绑架的孩子作威胁，带走了小贤……
