一、成立时间不同
1、吉林大学南方研究院：吉林大学南方研究院成立于2006年6月17日，吉林大学南方研究院是一所集综合性、开放性、自主性、研究性、公益性工作为核心，以南方经济政策研究为主，国际化的独立性研究和咨询机构，涵盖文、理、工、农、医多学科，属国家事业单位。
2、吉大的研究生院：吉林大学研究生院建于1984年6月，是经国务院批准的全国22所重点大学首批试办的研究生院之一。
二、师资不同
1、吉林大学南方研究院：南方研究院共有在校博士研究生61名，统考硕士研究生13名，单独考试硕士研究生193名。
2、吉大的研究生院：13大学科门类；一级学科硕士学位授权点59个，一级学科博士学位授权点44个，硕士学位授权点304个，博士学位授权点244个，博士后科研流动站42个；
一级学科国家重点学科4个（覆盖17个二级学科），二级学科国家重点学科15个，国家重点（培育）学科4个，一流大学与一流学科建设项目47个。
三、发展前景不同
1、吉林大学南方研究院：是吉林大学研究生院整体教育事业的一部分，是学校人才培养在珠三角地区的延伸。它将本着在改革中求发展、竞争中求领先的理念，利用珠海特区的地理和政策优势，结合区域经济发展实际，培养适合社会经济发展需要的新型科研人才。
2、吉大的研究生院：始终坚持以主动满足社会需求为导向，以提高人才培养质量为核心，着力培养研究生创新能力、实践能力和国际交流能力。通过强化培养过程管理，加强质量保证与监督体系建设，加强科学道德与学风教育。
努力培养德智体美全面发展的高层次拔尖创新人才。初步形成了较为完善的高层次人才培养体系。
参考资料来源：百度百科-吉林大学研究生院
参考资料来源：百度百科-吉林大学南方研究院
