2006年财政部在其颁发的新企业会计准则《企业会计准则第11号—股份支付》中，对上市公司建立的职工股权激励计划会计处理是：
1、上市公司授予股权激励时，不做会计处理，但必须确定授予股票的公允价格（该价格是采取会计上规定的期权定价模型计算）。
2、等待期间，根据上述股票的公允价格及股票数量，计算出总额，作为上市公司换取激励对象服务的代价，并在等待期内平均分摊，作为企业的成本费用，其对应科目为待结转的“其他资本公积”。如果授予时即可行权，可以当期作为企业的成本费用。会计分录为：
借：营业成本
贷：资本公积—其他资本公积
3、职工实际行权时，不再调整已确认的成本费用，只根据实际行权情况，确认股本和股本溢价，同时结转等待期内确认的其他资本公积。会计分录为：
借：银行存款
借：资本公积—其他资本公积
贷：股本
资本公积金—股本溢价
4、如果股权激励计划到期限，职工没有按照规定行权，以前作为上市公司成本费用的，要进行调整，冲回成本和资本公积。
三、企业实行职工股权激励计划，会计上认可的费用，企业所得税如何处理？
答：根据股权激励计划实行的情况，上市公司实行股权激励计划，实质上是通过减少企业的资本公积，换取公司激励对象的服务；或者说，公司是通过资本公积的减少，支付给激励对象提供服务的报酬。因此，根据《中华人民共和国企业所得税法》（以下简称税法）第八条规定，此费用应属于与企业生产经营活动相关的支出，应当准予在税前扣除。
四、企业实行职工股权激励计划所确认的支出，企业所得税确认为何性质的费用？
答：会计准则将上市公司实行股权激励计划换取激励对象的支出，认定为企业的营业成本。我们考虑，由于股权激励计划的对象是企业员工，其所发生的支出，应属于企业职工工资薪金范畴。
五、企业实行职工股权激励计划所确认的支出，企业所得税在何时确认为企业的工资薪金支出？
答：企业会计准则规定，上市公司股权激励计划一旦开始实施，其估计的金额将计入成本费用。会计准则之所以做出这一规定，主要是基本于受益原则和成本配比原则。即从授予开始，员工开始提供服务，该服务的成本就应记入企业成本费用。
而根据税法实施条例第34条规定，企业工资薪金支出，必须是每年度“支付”的。而上市公司实行股权激励计划，是设定一定条件的，在实施过程中，有可能满足不了；况且股市发生变化，也可能影响行权（如授予价高于行权时的股票市场价格，现实中有许多公司出现这种情况），这种不确定性的成本费用，税法不允许当时就给予扣除。因此，根据税法的规定，这种费用，应在激励对象行权时给予扣除。
此外，根据我国个人所得税法的有关规定，对个人取得股权激励计划标的物，在计算个人所得税时，也是依据个人实际行权时，确认为个人所得，且也是作为个人工资薪金项目征税。因此，个人确认收入，与企业确认成本费用，形成相互匹配。
六、企业实行职工股权激励计划，其费用支出如何计算确定，并在税前扣除？
答：会计准则要求，企业在授予职工股权激励计划时，要在等待期内，按照该股票的公允价格以及每年职工可能留用的比例及授予数量，计算作为企业当年度的成本费用，即在授予时点，按该股票的公允价格确定作为企业成本费用。而该股票的公允价格又是根据授予时该股票的市场价格，同时考虑等待期内股票市场波动等因素确定。
在税务处理上，由于税法规定的企业工资福利费，是按实际支付日确定作为成本费用，同时不考虑市场波动等因素。因此，在确认企业建立的职工股权激励计划作为工资薪金扣除时，是按职工实际行权时该股票的公允价格与职工实际支付价格的差额和行权数量确定。这种确认方式与个人所得税保持一致。
