事业单位长期合同工是否应该同工同酬？

不能。

1. 公务员受《公务员法》调节，事业编受《事业单位在编人员管理条例》调节，劳动合同人员（合同制人员与劳务派遣人员）受《劳动法》调节，在编人员与合同制人员是不同法律体系调整的对象，同一个法律体系下的才能同工同酬，也就是说《劳动法》要求的与正式人员同工同酬，指的是合同制人员与劳务派遣人员的同工同酬，你想一下，在企业里因为没有编制不编制的说法，所以劳动法里指的正式人员，指的就是合同制人员，这种直接与企业签订劳动合同的人员。
   

2. 《劳动法》的前提是劳动合同，只要签订劳动合同的才遵循这个法律，公务员不签合同，事业单位签聘用合同，与劳动合同也不是一个体系的。所以同工同酬找不到依据和参照。

3. 而且要不同工还不容易么，单位可以找出N个理由说你们不同工。

目前媒体其实都不是法律专业人士，都是仅仅凭借一个“正式人员”“同工同酬”就判断与编制人员同工同酬，实则是不清楚法律针对的对象是什么，《劳动法》只是调整编制外的人员，其只针对合同制人员与临时人员、劳务派遣人员之间的待遇问题。而在编人员并不在《劳动法》调整范围，其只针对事业单位中的合同制人员与临时工之间的待遇差别。

 相关案例你可以百度查找一下，看看法院对此类案件的解析，你才会懂什么是同工同酬。