1、内涵不同：
机电工程实为机械和电气工程两个专业的统称，但有时也作为机械电子工程专业的简称。机械电子工程专业培养具有必备基础理论知识、专门知识和较强的从事本专业领域实际工作的能力，适应生产建设、管理、服务第一线需要的，德、智、体、美等方面全面发展的高级应用型、技术型人才
水利水电工程着重培养从事大中型水利水电枢纽及其建筑物(包括大坝，水电站厂房，闸和进水、引水、泄水建筑物等)，以及工业用水工建筑物的规划、设计、施工、管理和科研方面的高级工程技术人才。
学习与研究方向包括水文水资源、水环境、水工结构、水力学及流体动力学、工程管理等，发展趋势是与信息技术、可靠度理论、管理科学等新兴学科的交叉与融合。
2、培养要求不同：
机电工程培养具有必备基础理论知识、专门知识和较强的从事本专业领域实际工作的能力，适应生产建设、管理、服务第一线需要的，德、智、体、美等方面全面发展的高级应用型、技术型人才。
水利水电工程主要学习水利水电工程建设所必需的数学、力学和建筑结构等方面的基本理论和基本知识，使学生得到必要的工程设计方法、施工管理方法和科学研究方法的基本训练，具有水利水电工程勘测、规划、设计、施工、科研和管理等方面的基本能力。
3、所学课程不同：
机电工程：涵盖了工业、公用、民用三部分工程中的设备安装工程、管道安装工程、电气工程、自动化仪表工程、防腐蚀工程、绝热工程、通风空调与洁净工程、建筑智能化工程、消防工程、建筑钢结构工程等专业技术知识
以及机电工程专业相关的法律、法规、标准、规范，重点是机电工程项目设计、采购、监造、安装施工、调试、试运行、竣工验收、回访保修各阶段管理知识等。
水利水电工程：是培养具有水利水电工程的勘测、规划、设计、施工、科研和管理等方面的知识，能在水利、水电等部门从事规划、设计、施工、科研和管理等方面工作的高级工程技术人才。
参考资料来源：百度百科-水利水电工程专业
参考资料来源：百度百科-机电工程专业
