高性能计算或者说，并行计算，是为了突破单机的资源限制，让更多的机器共同完成一项任务。而云计算，一般来说是通过虚拟化技术，让资源过剩的单台物理机独立、隔离地完成多个任务，他们出发点就不一样，甚至可以说是完全相反的。但是云计算现在范畴也很广，所以也会有一些开始重叠的地方，比如说云化的服务器可以再组成集群，就又有点像并行计算了，不过云化服务器的集群一般来说都是用来提供网络服务而不是计算服务。
云计算当中比较重要的进步是提供了存储和网络的虚拟化，从而使云服务器真正与一个性能适中的物理服务器等效，从而实现了资源的按需分配、高利用率以及高可用性。它提供的是一个从底层来看非常松散的结构，从而可以让各种各样的任务自由组合、互不干扰；它跟并行计算的高度组织化的结构是相反的。
