一、科目不同
1、座头鲸：须鲸科
2、蓝鲸：鳁鲸科
二、外形不同
1、座头鲸：座头鲸成体平均体长雄性为12.9米，雌性为13.7米，最大记录雌性18米。体重25~30吨。它的头相对较小，扁而平，吻宽，嘴大，嘴边有20~30个肿瘤状的突起，有趣的是每个突起的上面都长出一根毛，而身体的其他部位却全都没有毛。
鲸须短而宽，每侧都在200条以上。背鳍较低，短而小，背部不像其他鲸类那样平直，而是向上弓起，形成一条优美的曲线，故得名“座头鲸”。
胸鳍极为窄薄而狭长，约为550厘米左右，为鲸类中最大者，几乎达体长的三分之一，鳍肢上具有4趾，前缘具不规则的瘤状锯齿，其后缘有波浪状的缺刻，呈鸟翼状，。尾鳍宽大，外缘呈不规则钳齿状。脸面褶沟较少，约14~35条很宽的平行纵沟或棱纹，由下颌延伸达脐部。
腹部具褶沟。通常身体的背面和胸鳍呈黑色，有斑纹，腹面呈白色，但也有的背面和胸鳍也呈白色。体包个体变异较大，鳍肢上方白色，尾鳍腹面白色，边缘黑色。口大，进食时上下颌间特殊韧带结构可使口张开90度的角度。鲸须每侧有270~400片，须板和须毛皆黑灰色。
2、蓝鲸：一般体长为2200-3300厘米，体重为150,000-180,000千克。蓝鲸全身体表均呈淡蓝色或鼠灰色，背部有淡色的细碎斑纹，胸部有白色的斑点，褶沟在20条以上，腹部也布满褶皱，长达脐部，并带有赭石色的黄斑。雌兽在生殖孔两侧有乳沟，内有细长的乳头。
头相对较小而扁平，有2个喷气孔，位于头的顶上，吻宽，口大，嘴里没有牙齿，上颌宽，向上凸起呈弧形，生有黑色的须板，每侧多达300-400枚，长90-110厘米，宽50-60厘米。在耳膜内每年都积存有很多蜡，根据蜡的厚度，可以判断它的年龄。
在它的上颌部还有一块白色的胼胝，曾经是生长毛发的地方，后来，毛发都退化了，就留下一块疣状的赘生物，成了寄生虫的滋生地。背鳍特别短小，其长度不及体长的1.5%，鳍肢也不算太长，约为4米左右，具4趾，其后缘没有波浪状的缺刻，尾巴宽阔而平扁。
三、发声不同
1、座头鲸：雄性座头鲸每年约有6个月时间整天都在唱歌，而且其歌声中敲击音与纯正音的比例与西方交响乐中两者的比例非常类似。这种庞然大物至少能够发出7个八度音阶的音，但它不是毫无章法地在吼叫，而是按照一定的节拍、音阶长度和音乐短语来歌唱。
研究人员还发现，座头鲸还十分擅长用一种人类歌唱家常用的“A—B—A”格式来演唱，即先演唱一段旋律，接着进一步阐述，然后再回到稍加改变的原旋律上来。
2、蓝鲸：蓝鲸是世界上最大声的动物，蓝鲸在与伙伴联络时使用一种低频率，震耳欲聋的声音。这种声音有时能超过180分贝，比你站在跑道上所听到的喷气式飞机起飞时发出的声音还要大，有一种灵敏的仪器曾在80千米外探测到蓝鲸的声音。通过距离蓝鲸1米参考压力一毫帕的测量，估算蓝鲸的声音在源头处可以达到155-188分贝。
即使考虑到水和空气的不同的阻抗，不同的标准参考压力，空气中的等价声音范围仍有89-122分贝。作为比较，风钻的声音大约100分贝。但人类可能无法体会到蓝鲸是声音最大的动物。所有的蓝鲸种群发声的基频在10－40赫兹，而人类能够察觉的最低频率是20赫兹。蓝鲸的声音持续时间为10－30秒钟。
有记录斯里兰卡海岸外蓝鲸的声音重复唱4个音符的“歌”，每次持续两分钟，使人想起驼背鲸之歌。研究者认为，因为这种现象没在其它种群中看到，它可能为B.m.brevicauda（侏儒）亚种独有。
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