两者有以下区别：
一、能量来源不同：起动机靠的是电，电能转化成机械能。发动机靠的是燃料，内能转化成机械能。
二、结构不同：起动机主要有电动机由磁场（定子）、电枢（转子）和整流子组成。发动机主要由机体组主要由气缸体、汽缸套、气缸盖和气缸垫等零件组成。
两者的关系主要体现在汽车上，汽车启动的时候先是钥匙点火，接通启动机，让启动机带动发动机工作，然后发动机才能靠自身的燃烧即动力惯性连续运转。
补充资料：
起动机：又叫马达，它将蓄电池的电能转化为机械能的机器，驱动发动机飞轮旋转实现发动机的启动。
发动机：是一种能够把其它形式的能转化为机械能的机器。
