1929年6月1日，国民政府为孙中山举行了隆重的“奉安大典”。孙中山的棺柩运到中山陵后，有孙中山的8名卫士抬入墓穴安葬。墓穴用钢筋混凝土密封，为于孙中山卧像下5米深处。
日军侵占南京之前，南京政府提出要把孙中山的遗体带到重庆去。但要将遗体去处。必须要爆破；一爆破，棺柩和遗体都要遭破坏。所以，当时没有动。日本人进攻南京时，侵华日军将领松井石根在其最后通牒中声称：“江宁之地乃民国首都，明孝陵、中山陵等古迹名胜汇集，如中国军队不向日军投降，战火起处必然使千载文化成为灰烬。”以此威迫南京当局拱手交出南京城。日军进攻南京时，选的“突破口”就是中山陵。当时中山陵陵园外的建筑均被日军的炮火夷为平地，陵园内的一些建筑也遭到严重破坏。进入南京后，慑于孙中山先生的崇高威望和巨大影响，日军未敢进一步破坏中山陵。
还有传说，蒋介石逃离大陆时，将孙中山的遗体从中山陵中取出，带到台湾去了。这种说法是没有根据的。据孙中山的卫士，一直担任护卫中山陵任务的范良说，蒋介石撤退时，根本没有提到中山陵，只是孙科临走时对他们说：“毛泽东、周恩来对总理是尊重的，你们是总理的卫士，他们不会为难你们的。”解放后，中山陵受到人民政府的精心保护。所以，孙中山的遗体仍在孙中山的卧像之下的墓穴里是毫无疑问的。
