根据立法法第71条的规定，国务院部门规章的制定机关是国务院各部、委员会、中国人民银行、审计署和具有行政管理职能的直属机构。这类制定机关可以分为国务院组成部门和直属机构两大类。国务院部委和中国人民银行、审计署是国务院组成部门。国务院直属机构是主管国务院某项专门业务的部门，例如国家工商行政管理局、海关总署、国家税务总局、新闻出版署等重要行政管理部门。直属机构的数量和职能因各届政府的机构设置和法律的规定而有所不同，第九届中央人民政府设置的直属机构共有17个。
制定部门规章的主体，还因为单行法律的授权规定而出现。例如1998年12月公布的证券法第167条规定，国务院证券监督管理机构的职责之一，是依法制定有关证券市场监督管理的规章。根据第九届中央人民政府的管理职能配置和机构设置，行使国务院证券监督管理职权的机构是国务院的直属事业单位中国证券监督管理委员会。因此，这里行使部门规章制定权的就是国务院的事业单位。
根据立法法第71条的规定，部门规章规定的事项，应当属于执行法律或者国务院的行政法规、决定、命令的事项。对此应当理解为，部门规章的制定权限，应当以法律或者国务院的行政法规、决定、命令中对具体事项的规定为根据。这就是说，部门规章是执行性或者补充性的行政规范，而不是自主性的行政规范。在缺乏法律、国务院行政法规和决定、命令的情形下，国务院部门不得只是以管理需要为由主动地制定和发布部门规章。仅就制定根据这一点而言，国务院部门规章的制定权限比地方政府规章要小一些。
超越一个国务院部门规章制定权限的，是涉及两个以上国务院部门职权范围的事项。对此有两个解决办法，第一是提请国务院制定行政法规。它一般适用于以下情形:
需要制定的事项涉及两个以上国务院部门的职权，但是对它们的职权范围尚有待于国务院作出明确划分；规章中将规定的措施只能由国务院规定或者采取的；法律规定应当由国务院作出规定的；国务院认为应当由国务院制定行政法规的。第二是由国务院有关部门联合制定规章。它一般适用于以下情形:需要规定的事项涉及两个以上部门职权，国务院已经对它们的职杈划分作出了明确规定；涉及两个以上国务院部门职权的事项，法律规定由国务院有关部门作出规定的。涉及国务院两个以上部门职权范围的事项，制定行政法规条件尚不成熟，需要制定规章的，国务院有关部门应当联合制定规章，否则国务院有关部门单独制定的规章无效。
