发票已开出但未认证时丢失，分为3种情况处理：
1、丢失发票联：①使用专用发票抵扣联到主管税务机关（正常）认证;
②将专用发票抵扣联作为记账凭证;
③并用专用发票抵扣联复印件留存备查;
2、丢失抵扣联:①使用专用发票发票联到主管税务机关（正常）认证;
②将专用发票发票联作为记账凭证;
③并用专用发票发发票联复印件留存备查;
3、丢失发票联和抵扣联：
购买方的处理方式：
①购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证;
②销售方所在地主管税务机关出具《丢失增值税专用发票已报税证明单》;
③认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；
开票方的处理方式：
①提供发票复印件；
②开票方税局开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》；
③将两者交由收票方主管税务机关审核，同意后，才可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
