既可以在上海续签，也可以在上海重新办理一个新的港澳通行证。
所需的材料包括集体户口簿、居民身份证原件及复印件、就读院校出具的在学证明、旧的港澳通行证。
港澳通行证一次有效签注每枚15元，二次有效签注每枚30元。
2012年9月1日起，北京、天津、上海、重庆、广州、深圳6城市即允许非本市户籍就业人员和高等院校的在读大学生异地提交出入境证件申请，包括办理普通护照、往来港澳通行证及各类签注、往来台湾通行证及各类签注等。
扩展资料：
《往来港澳通行证》有效期不足6个月（部分城市是3个月）的或无足够空白签注页的不能办理续签，须按首次申请手续办理新的《往来港澳通行证》，同时申请签注。
已持有效往来港澳通行证，再次办理签注的，可以委托他人代为申请。代办人还须提交本人的居民身份证以及申请人的委托书。申请人在港澳地区的，不得委托他人代为申请。
已持有效往来港澳通行证，通过有资质的劳务经营公司组织赴香港或者澳门就业的，以及在港澳就业期间继续申请逗留签注的，可由劳务经营公司代为申请逗留签注。劳务经营公司须事先将公司印章、负责人签名向市公安局出入境管理局备案。
参考资料来源：上海市公安局网上办事大厅-港澳其他签注
