鱼的缸里可以放硝化菌的。
新的水族箱里放进自来水，经过曝气除氯、增氧，就可以放闯缸鱼了。有了鱼，水中就有了有机物来源，其主要成分包括碳水化合物、脂肪、蛋白质等。这些物质的积累使水受到污染，与此同时，以有机物为生的微生物，主要是各种异养菌开始大量繁殖。有机物分解的产物又引来了新的微生物，其中，蛋白质等含氮化合物经过分解产生的氨，为硝化细菌提供了食物，于是，硝化细菌开始繁殖起来。此外，还有各种浮游生物、原生动物等也相继出现，水中的生物和各种成分趋于多样化，并形成了简单的食物链，水开始具有了活性。
硝化细菌包括铵氧化细菌（又叫亚硝化细菌）和亚硝酸氧化细菌（又叫硝化细菌）两类，它们能够有效分解对鱼有毒的氨及其转化的亚硝酸盐，因此具有特别重要的意义。开缸是否成功，其主要标志就是硝化系统的建立，氨和亚硝酸盐的去除能力，也是衡量水的自净能力的重要指标。
各种菌类不仅仅生活在水中，在缸壁、底砂、以及缸内其它固体表面，都附生着大量菌类，硝化细菌主要是附着在物体表面生活，水中反而数量很少，而且缺乏活性。还有许多异养菌也是在固定表面上生活更有活性。实际上，养水主要就是养微生物，也就是建立一个良好的微生态水环境，它包括水体、缸体和过滤系统各个要素，离开了缸，水的稳定性就会降低，同样道理，一个成熟的好缸。
