劳动法律关系虽然也是一种民事法律关系，但是它是一种特殊的法律关系。它的特殊性在于，这种法律关系发生在实现劳动合同的过程中，劳动合同的一方当事人必须是劳动者，另一方则是用人单位，而且劳动者一旦同用人单位签订了劳动合同就必须遵守用人单位内部的劳动规则。因此劳动争议不同于一般的民商事纠纷，劳动争议仲裁也就不同于一般的民商事纠纷的仲裁。其主要表现在：
一、劳动争议仲裁实行地域管辖原则。劳动争议仲裁按照行政区域的划分，由县、市、区劳动仲裁委员会负责管理本行政区内发生的劳动争议。而民商事纠纷的双方当事人可以协议选择任何一个仲裁机构，而无行政管辖区域的限制。
二、劳动争议的仲裁程序是向人民法院起诉的必须程序。劳动法第79条规定：“劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解；调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁不服的，可以向人民法院提起诉讼。”从这一规定可以看出，劳动争议发生后必须先经过仲裁程序。将仲裁作为诉讼的前置程序，这体现了劳动争议的特殊性。负责解决的劳动争议劳动仲裁委员会是由劳动行政主管部门的代表、工会的代表和用人单位方面的代表组成，对争议的标的了解得更直接，更具体。同时，劳动争议仲裁的期限也较短，便于及时解决争议。而按照《仲裁法》的规定，一般的民商事纠纷，必须双方当事人协商一致达成仲裁协议，仲裁委员会才对纠纷进行受理，同时人民法院将不再予以受理，仲裁机构对民商事纠纷所作出的仲裁裁决是终局性的，若一方当事人不服，再向人民法院诉讼的，法院将不予受理。只有裁决被人民法院依法裁定撤销或不予执行的情况下，法院才予以受理。
三、劳动纠纷当事人一方即可提请仲裁。劳动纠纷经调解无效的，当事人一方可以向劳动仲裁委员会申请仲裁，当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。这同一般民商事纠纷的仲裁截然不同。依据《仲裁法》中规定的当事人自愿原则，双方协议仲裁，当事人一方提请仲裁的仲裁机构将不予受理，因为民商事纠纷仲裁实行的是或裁或审的制度，若当事人选择了仲裁即意味着放弃了诉讼权，如果不采取双方协议仲裁的原则，就意味着剥夺了另一方当事人的诉讼权利。而劳动争议的仲裁当事人一方选择了仲裁方式解决，另一方当事人如不服仲裁裁决还可以向人民法院起诉。
四、劳动争议的仲裁机构由法定部门的代表组成，仲裁员由仲裁委员会指定。我国《劳动法》规定，劳动争议仲裁委员会的组成由劳动行政主管部门的代表、同级工会的代表、用人单位方面的代表组成。而《仲裁法》对民商事纠纷的仲裁机构规定，由有关法律、经济贸易专家、有关知名人士及有关部门人员组成，当事人可依据仲裁机构提供的仲裁员名册选择仲裁员组成仲裁庭。
五、劳动争议仲裁实行一裁二审制度。一裁即劳动争议仲裁委员会在受理了仲裁案件后经过审理作出裁决，当事人若服从就应自动履行，当事人不服从的，也不能向上一级仲裁委员会申请复议或重新仲裁。只能在法定期限内向人民法院提起诉讼。而民商事纠纷的仲裁规定的是一裁终局的制度，即使对裁决不服，既不能向上一级仲裁委员会提请复议或重新仲裁，也不能再向法院起诉。
