发工资扣个人所得税，是由公司或个人另行向税局申报后扣缴的，与银行没关系。代扣后将税后工资打到你银行卡上。公司将代扣的税交税务局，所扣住房公积金交当地住房公积金管理中心，所扣社保费用交当地社保局。
具体过程是：
一、公司代扣代缴：
公司发工资时，先将个人应纳税额从工资中扣除，然后公司制表向税局统一申报，税局凭公司的申报资料从公司账户中扣款，完成个人所得税缴纳。
二、个人自行申报：
公司发放全额工资，不扣个人所得税，由个人自行向税局申报，税局凭个人申报资料从个人账户中扣款，完成个人所得税缴纳。
扩展资料：
一、申报时间
年所得12万元以上的纳税人，应在纳税年度终了后3个月内向主管税务机关办理纳税申报。如2008年度年所得达到12万元的纳税人，应该在2009年1月1日至3月31日期间，到主管的各区地方税务局（税务所）办理纳税申报。
二、申报对象
凡依据个人所得税法负有纳税义务的纳税人，有下列情形之一的，应当按照国税发[2006]162号的规定办理纳税申报：
1、年所得12万元以上的；
2、从中国境内两处或者两处以上取得工资、薪金所得的；
3、从中国境外取得所得的；
4、取得应税所得，没有扣缴义务人的；
5、国务院规定的其他情形。
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