应当对土地使用权正确地进行界定确认，分别在“固定资产—土地”和“无形资产—土地使用权”中单独核算。界定确认的标准：一是取得土地使用权的时间，看是在实施现行会计制度之前或之后；二是取得土地使用权的代价，看取得土地使用权是有偿的或是无偿的。具体操作如下：
不论实施现行会计制度前后，凡是属于行政无偿划拨给事业单位的土地使用权，一律纳入固定资产核算，记入“固定资产—土地”科目；事业单位在现行会计制度实施之前购得的土地使用权，应当作为固定资产核算，记入“固定资产—土地”科目；事业单位在现行会计制度实施之后，因征地而支付的补偿费，虽然作为固定资产核算，但是不能单独作为土地价值入账，应当计入与土地有关的房屋、建筑物等附着物的价值内，记入“固定资产—房屋建筑物”科目。
事业单位在现行会计制度实施之后购得的土地使用权，应当作为无形资产核算，记入“无形资产—土地使用权”科目，进行无形资产核算时将取得时所发生的一切支出，作为土地使用权成本；事业单位在现行会计制度实施之后向土地管理部门申请土地使用权时，支付的出让金要作为无形资产进行核算，记入“无形资产—土地使用权”科目；单位原先通过行政划拨方式获得的土地使用权，没有入账核算，在将土地使用权有偿转让、出租、抵押、作价入股和投资，按照规定补缴的土地出让金作为无形资产入账，记入“无形资产—土地使用权”科目。
