JR和日本地铁两者分属两个公司管理运营，公司是独立并没有联系，但某些运行线路是互通的。
日本的轨道交通主要是三大体系，JR、私铁、地铁（市交通局）。
JR和私铁的线路也有全程在地下的，地铁的线路也有在地面和高架跑的，所以这都是根据线路属于哪家公司运营管理来区分的。
1、JR，即日本铁路公司（Japan Railways）是日本的大型铁路公司集团。其前身为日本国有铁道（简称“国铁”，常用的缩贺袭写名称为“JNR”）。
日本国铁于1987年分割为七间公司，并将原本国有的经营权移转为民营（国铁分割民营化），其所分离而出的各公司即合称为“日本铁路公司”。地位相当于中国的中国铁路总公司。
2、日本地铁-东京地铁，公司为东京地下鉄株式会社，承担日本东京都内地铁的主要运营工作的民营铁路公司，由日本政府与东京都政府共同投资管理。或拿东京地铁于2004年由帝都高速度交通营团改组而成 。
扩展资料：
JR在整个日本按区域由JR北海道、JR东日本、JR东海、JR西日本、JR四国以及JR九州等6家公司运营客运业务，列车按速度及停靠站多寡，分为「新干线」、「特急」、「急行」、「快速」和「普通」。 JR有新干线和在来线两类，基本对应国内的高铁和普铁。
日本地铁系统是大城市如东京、大阪和名古屋等市交通局投资和运营的轨禅团兄道交通。基本线路和运营范围都限于该都市地域内，东京由于地铁线路特别多，又分成两家公司（东京Metro和都营地下铁） 来运营管理。
JR各公司的新干线、JR各公司的在来线、各私铁、东京Metro、东京都营地下铁、大阪Metro、名古屋市地铁、京都市地铁等等几十个系统，他们之间又会互相联合发行各种通票等。
参考资料来源：百度百科-JR （日本铁道公司集团英文名称简写）
