一、专业不同
1、临床医学
临床医学专业是专科医药卫生类专业中的一种，学制三年，主要为县及县以下基层医疗单位培养从事一般多发病、常见病的医疗和预防，以及初级保育工作的实用型人才。
2、基础医学
基础医学专业培养具备自然科学、生命科学和医学科学基本理论知识和实验技能，能够在高等医学院校和医学科研机构等部门从事基础医学各学科的教学、科学研究及基础与临床相结合的医学实验研究工作的医学高级专门人才。
3、生物医学工程
生物医学工程学科是以解决医学中的有关问题，保障人类健康，为疾病的预防、诊断、治疗和康复服务的一门学科。是一门具有高度综合的交叉学科，这是它最大的特点。
二、主干课程不同
1、临床医学
人体解剖学、生理学、病原生物与免疫学、生物化学、病理学、药理学、诊断学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、预防医学等核心课程。
2、基础医学
人体解剖学、组织胚胎学、细胞生物学、生理学、神经生理学、生物化学与分子生物学、医学遗传学、微生物学与免疫学、病理学、药理学、临床医学。
3、生物医学工程
《高等数学》、《普通物理学》、《模拟电子技术》、《脉冲数字电子技术》、《医用传感器》、《数字信号处理》、《微机原理及应用》、《医学图像处理》、《医用仪器原理》、《医学影像仪器》、《生物化学》、《生理学》、《诊断学》、《内科学》、《外科学》等。
三、就业前景不同
1、临床医学
城市社区卫生服务中心、农村乡镇卫生院的临床医疗岗位。
2、基础医学
该专业毕业生具有较全面的综合素质、较强的创新精神、较好的学习能力以及外语和计算机应用能力。毕业后能够胜任高等医药院校、科研机构及临床有关实验室的教学和科学研究工作。
3、生物医学工程
学生就业的主要去向为研究机构，医院影像、设备、临床工程、信息中心等相关科室，医疗器械相关企业、事业单位，政府相关管理部门等。
参考资料来源：百度百科－临床医学
参考资料来源：百度百科－基础医学专业
参考资料来源：百度百科－生物医学工程专业
