水草的根，和一般植物的根不同，它们都具有一种特殊的本领，就是能吸收水里的氧气，并且在氧气较少的情况下，也能正常呼吸。因为水草的根皮层里，具有较大的细胞间隙，上下连通，形成一个空气的传导系统，更重要的是它们的根表皮是一层半透性的薄膜，可以使溶解在水里的少量氧气透过它而扩散到根里去。在进行渗透作用时，由於薄膜两边的浓度不同，产生了一种渗透压，而水草的根表皮渗透力特别强，所以氧气能渗透到根里去，从根里吸收到的一点氧气，在通过较大的细胞间隙，供根充分的呼吸。
水草的茎、叶表皮与根一样，具有水中吸收的功能，有些水草的叶片吸收功能甚至比根强，这是其他陆生植物极少有的特徵。由於水草有著种种适应水中生活的构造，就能够正常的呼吸，又有在水中行光合作用的能力，所以水草能长期生活在水中不会腐烂。
