这两个教派区别是教义不同，信仰也不同。
耶稣教是新教（Protestantism），亦称基督新教，与天主教、东正教并称为基督教三大流派。包括16世纪欧洲宗教改革运动中脱离天主教而产生的新宗派：路德宗、加尔文宗、安立甘宗，以及随后又从这些宗派中不断分化出来的更多宗派。新教又称“更正教”、“抗罗宗”、“耶稣教”。
基督教是对奉耶稣基督为救世主的各教派统称，亦称基督宗教。公元1世纪，发源于罗马的巴勒斯坦省（今日的以色列、巴勒斯坦和约旦地区）。它建立的根基是耶稣基督的诞生、传道、死亡与复活。基督教主要包括：天主教、新教、东正教三大教派和其他一些较小教派。在中国，因为历史翻译的原因，通常把新教称为基督教，为了说明“基督教”的确切概念，本词条称“新教”为“基督新教”，而不是惯称的“基督教”。
