主要有以下几点的区别：部门定义的不同、部门的职能不同、账户的体系不同，以下进行详述。
一、两者的部门定义是有所不同的
1、国民经济产业部门：主要是以基层单位为对象，根据生产产品或服务的同质性进行的部门分类。
2、国民经济机构部门：是以机构单位为对象，根据其主要经济职能、行为和目的的同一性划分部门的分类。
二、两者的部门职能是有所不同的
1、国民经济产业部门：对于研究国民经济行业发展、行业结构，以及市场供求关系等方面具有重要作用。
2、国民经济机构部门：对揭示国民经济运行过程的经济关系，包括生产、收入分配、投融资、国际往来、国民财富分配等具有重要作用。
三、两者的账号体系是有所不同的
1、国民经济产业部门：产业部门帐户主要描述生产及市场供给和需求的产品(含服务)。从内容上讲主要是投入产出表，或称货物和服务供给(产出，表和货物和服务使用(投入与最终产品)表，及货物和服务帐户。
2、国民经济机构部门：机构部门帐户是按经济活动的生产、分配、消费、积累和资产负债存量设置帐户体系的，具体包括生产帐户、收入分配和使用帐户(其中含原始收入(初次)分配帐户、收入再分配帐户、实物收入再分配帐户、可支配收入使用帐户)、积累帐户(其中含资本帐户、
金融帐户、资产数量其他变化帐户和重估价帐户)、资产负债表(其中含期初资产负债表、资产负债变化表、期末资产负债表)。
参考资料来源： 百度百科-国民经济机构部门分类
参考资料来源：百度百科-国民经济核算
参考资料来源：百度百科-国民经济行业部门分类
