大学院相当于中国大学的研究生院，一般不是行政机构，是教学单位，依附于学部（相当于中国大学的学院），也有单独开设的（学部阶段没有课程）。
研究科相当于中国大学具体的研究生院，比如日本大学的工学研究科，相当于中国大学工学研究生院。
因此，实际上大学院和研究科是一体的，日本一般称为【某某大学大学院某某研究科】，而中国大学一般没有此类称呼。
专攻：就是专业。这个各个大学之间还是有差距的。大部分相当于国内大学的二级学科；少部分相当于三级学科；还有的就是一级学科。大部分情况下是相当于国内大学研究生教育的专业的。你的理解是对的。
学部相当于中国大学开展本专科教育的学院或者独立系（不是二级学院里面的）。比如工学部相当于中国大学的工学院。你的理解也是对的。
course和讲座一般是指【课程】，但是，在部分日本大学，是相当于【专攻】的，这个因校而异。
学科：我们所说的专业。比如医学科，就相当于我们大学的医学专业。大部分是相当于国内大学的本专科阶段的专业的。
学科目：应该是指课程，具体的比如数学、专业课程、英语等。
研究所或者什么研究中心、研究室，一般是指依附或者不依附于学部的研究机构，有的研究机构具有学部生、修士博士课程教育功能，可以招生培养的。中国大学也有此类机构，一般是单独设置的，和各个学院的研究生教育是一个级别的，比如北京大学网络与信息系统研究所，既有本科教育也有研究生教育。有的研究所是在学部或研究科内部的，不单独招生但是单独培养---就是研究科统一招进来，他们研究所单独培养。
大学院研究科课程对于申请者在大学期间的gpa、课程成绩以及实践经验的要求，因大学而异，同时也因导师而异。部分大学尤其是名校的研究科和导师，还是对gpa很在意的，但是大部分不在意，别太差即可。关于社会工作经验的问题，部分专攻是有明确要求的，包括经济学经营学等方向的专攻。这个因校而异。
关于经济学和经营学以及商学等的募集要求，这个要看大学的要求，和你学文理关系不大。如果是考大学院，那么专业对口即可。如果是考大学学部，那么根据要求递交日本留学试验的科目成绩和参加大学入学考试即可。同样，要求也是一句废话---因校而异。
关于经济学科等课程设置，到各个大学网站去看吧，没办法，还是那句废话---因校而异。
日本大学的教育制度和教学管理，和中国大学差不多，只不过由于使用了汉字，所以有很多我们理解起来有些困惑的地方。慢慢了解吧。
日倭驻华大使馆网站有详细的留学说明，看完你会成为专家的。
