就学校的总体水平而言，南京医科大学在安徽医科大学之上。
这个问题你可以参考中国统计出版社武书连版本的大学排名，即：《挑大学 选专业 2013高考志愿填报指南）（中国统计出版社2013年版本），武书连版本的大学排名，是国内目前较为权威、较为得到社会广泛认可的大学排名。纳入该排行榜的大学共350所，其中医科大学31所，排名及其得分如下：
全国排名 院校 得分
57 首都医科大学 27.34
86 中国药科大学 18.36
91 南京医科大学 16.84
100 南方医科大学 15.2
107 中国医科大学 14.59
113 重庆医科大学 13.79
114 沈阳药科大学 13.78
117 哈尔滨医科大学 13.65
136 天津医科大学 11.66
146 温州医学院 10.71
152 河北医科大学 10.45
165 安徽医科大学 9.7
167 北京中医药大学 9.56
174 广州中医药大学 9.28
186 上海中医药大学 8.72
204 福建医科大学 8.06
205 南京中医药大学 7.93
224 广州医学院 6.81
235 广西医科大学 6.4
244 大连医科大学 6.01
253 山西医科大学 5.82
267 成都中医药大学 5.27
269 广东药学院 5.26
272 广东医学院 5.15
281 天津中医药大学 4.88
284 黑龙江中医药大学 4.73
285 昆明医科大学 4.72
287 新疆医科大学 4.67
290 浙江中医药大学 4.6
321 山东中医药大学 4.08
323 徐州医学院 4.07
资料来源：《挑大学 选专业 2013高考志愿填报指南》（中国统计出版社2013年版）
