一般棉花种子的优劣，主要是根据籽棉的纤维长度、纤维整齐度和杂籽百分率来判断。
(1)纤维平均长度：取籽棉50瓤，每瓤取中间籽棉一粒，用左右分梳法测量每粒籽棉的纤维长度，以毫米为单位，求出纤维平均长度。将此长度与该品种标准长度进行比较。如与标准长度不符，则种子的真实性有问题或纯度较差。
计算方法：
（纤维平均长度±2毫米）的籽棉粒数÷测定棉籽粒数×100%
凡纤维平均长度±2毫米以内，籽棉粒百分数，在90%以上者表示纤维整齐，纯度好；80%～90%者表示整齐度较差，纯度也不高；80%以下者为不整齐，纯度很差。
(2)杂籽百分率，一般陆地棉的棉籽为灰色或白色，籽粒为锥形。如棉籽颜色、形状、大小有改变，表示品种退化或与原品种有差异，可列为杂籽。杂籽主要包括绿色籽（日晒后呈棕色）、稀毛籽、稀毛绿籽、光籽。至于多毛大白籽、畸形籽、小籽则不列为杂籽。
计算杂籽百分率方法：
杂籽百分率＝杂籽数÷检查棉籽数×100%
棉籽纯度＝100%－杂籽百分率
