主要区别有，性质不同、物质成分不同、用途不同，具体如下：
一、性质不同
1、蒸馏水
蒸馏水是指经过蒸馏、冷凝操作的水。
2、矿泉水
矿泉水是从地下深处自然涌出的或者是经人工揭露的、未受污染的地下矿水。
二、物质成分不同
1、蒸馏水
蒸馏水的制作是把源水煮沸后令其蒸发冷凝回收，用于制作蒸馏水的源水中的其它遇热蒸发物质，也就随着蒸馏水的生成而冷凝到蒸馏水中。如对健康有害的酚类、苯化合物，甚至可蒸发的汞等。要想得到纯净水或超纯水，必须经过二次、三次的蒸馏还得增加其它纯净手段。如果常饮蒸馏水就等于放弃了从水中获得人体所需的微量元素的5%的来源。
2、矿泉水
含有锂、锶，锌、碘化物等，多种人体必需的微量元素和矿物质。
三、用途不同
1、蒸馏水
①、在生活中，一般和机器、电器相关的时候，蒸馏水的作用主要是它不导电，保证机器运行稳定，延长电器使用寿命。
②、在医药行业 ，蒸馏水的作用是因为低渗作，用蒸馏水冲洗手术伤口。
③、学校里的化学实验，有些需要用蒸馏水，利用的就是蒸馏水无电解质，没有游离离子，或是没有杂质。
2、矿泉水
主要用途是饮用水。
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