招标直接的营销成本上升。造成医药企业进入医药招投标程序的门槛很高，招标采购的各种收费也让企业不堪重负，如检验费、样品费、标书费、招标文件费和中介服务费等。在药品招标实际操作中，还要花费大量的人力、物力、财力大大提高了制药企业的成本，经济负担很重。
企业的管理格局难以占据主导地位。配送权利因医药招标而被锁定，代理商签的商业应标单位关系复杂，企业需要整理市场时常常因此而被牵制，‘打断骨头连着了筋’代理商要是不做这个市场了，医药企业交接很难不付大的代价。一个地方只有一个商业中标，经销商业也有覆盖不了的区域，可他不签委托配送协议，你想覆盖的区域就根本没有销售的资格，新的垄断环节出现，企业一般只有再次对其让利。
企业的流通秩序被打乱。省与省之间的医药招标价格不尽相同却互相参考，导致一轮更比一轮的中标价格低。企业给全国代理商的代理价格一样，各省各地区的价格差，有了代理企业和经销企业因地域差价串货的可能，代理商对中标后价格的接受反应也不尽相同，企业对于市场因此而产生的参差不齐要求难以应付。
