1、石英联盟 第75集~第81集
剧情简介:小智的技巧可说是极为生疏,依凭运气才收服到他第一只神奇宝贝,对战上也不够熟练,运气好的是在挑战最初的几个道馆时常因一些事故而直接获得徽章,而在这段期间内小智的实力也逐渐成长,最后成功以自己的力量收齐徽章,参加石英族并联盟。
在第一次参加的石英联盟时由初赛出线至淘汰赛,于16强止步,以第1次参加联盟大会的训练家来说是不错的成绩,也比劲敌小茂更好。
2、橘子联盟 第112集~第113集
剧情简介:回到真新镇后,他为了替大木博士拿GS球而前往橘子群岛,并在一时兴起下决定挑战橘子联盟。旅行刚开始,小智一行人来到内木研究所,然而这里令小刚燃起浓厚的兴趣,并毅然决定留在内木研究所帮忙,而小智与小霞也决定跟他道别。
小建由于得知两人与大木博士熟识,便决定跟着他们一起旅行,橘子群岛的旅程在此刻才正式展开。最终小智在胜利者杯大获全胜。从橘子群岛回来后,小智在橘子群岛旅行的小建也决定留在大木研究所担任助手,不再旅行,同时小刚再度回归队伍,三人就此往城都地方出发。
3、成都联盟 第267集~第273集
剧情简介:在城都联盟白银大会16强中,小智再度与小茂决战,这场6对6全面对战,双方都以最强的阵容来应战。最后的殊死斗,小智的喷火龙对小茂最强的水箭龟,小智利用对战场地,喷火龙用“过热”熔化场地,水箭龟的“水炮”令场地满布蒸气。喷火龙乘机接近水箭龟,贴身混战后,水箭龟失去战斗能力,小智以6比5打败小茂晋级。
但是到了8强与来自丰缘地区的叶越交手时,叶越充满特性的神奇宝贝使小智陷入危机,小智和叶越激战后派出最后仅余仍能作战的神奇宝贝-喷火龙和火焰鸡作为两人之间的殊死斗,最后喷火龙和火焰鸡虽一同站起,但喷火龙尝试再用“喷射火焰”时倒下并失去战斗能力,小智以5比6战败,8强止步。另外,虽然叶越打败小智进入前四强,可惜他的火焰鸡已受重伤,没有派它上场,最终败给樱桃镇出身的选手杜舍,4强止步。
4、丰缘联盟 第125集~第130集
剧情简介:到达未白镇后,小智采纳叶越的建议,先步行至古辰镇寻找丰缘地方的名研究员-小田卷博士,在此同时、小遥也正好前往,小智因此在小田卷研究所认识了新人协调训练家小遥和其弟弟小胜,后来小刚再次加入,4人结伴并展开全新的冒险─丰缘之旅。
另外、小遥到达凯那市参加华丽大赛,虽然不幸战败,但也因此找到了目标─参加华丽大型庆典。4人旅行的途中还遇上丰缘地方两大邪恶组织—水舰队与火岩队,有时他们也加入阻止这两大邪恶组织的计划。在彩幽大会时却以5比6败给哲也,再度于8强出局,并在最后以哲也获得优胜的结局下闭幕
5、神奥联盟 第94集~第104集
剧情简介:当小智取得7枚神奥地方徽章时,在雷司的提议下,兆慧迹小智与真司在睿智湖为各自对培养神奇宝贝的理念而进行6对6全体战。但真司的战术,加上小智一次次的战术失误,令真司取得压倒碧高性优势。在小火焰猴进化成猛火猴的情况下,小智仍不能挽回败局:猛火猴的“音速拳”对电击兽的“雷光掌”,最后猛火猴失去战斗能力,小智以2比6惨败收场。
终于,小智获得参加神奥联盟的资格,在8强时与劲敌真司碰头,如临大敌的两人为自身的理念进行终极决战。有史以来最长的6对6全体战展开,激战连场,最后是由小智的烈焰猴对真司的电击魔兽进行最终战,小智终于以6比5战胜真司,一雪前耻。