一、管理制度方式不同。
由于其灵活性，管理制度和方式会与公办上面有很大的区别。比如在制度的另加和制定上面，民办院校可以切身的根据自己的情况来制定适合自己学校情况的制度和管理方式。
二、师资上面的差别
公办院校与民办的区别还在于师资上面的不同，公办院校的师资一般要比民办的好，而且好很多，这点是由于其学校性质所决定的。
公办可以享受的师资待遇与民办的自聘自费是有很本质的区别，也是很多家长所顾忌和顾虑到的，就目前的情况来说，民办的师资短板已经在渐渐的缩短了。
三、社会大众的看法
民办的本科，大部分是三本院校，好一些的是二本院校；一般来说，民办的学生在高考时成绩的不算太好。在毕业时虽然同是本科学历，都拥有学士学位，但是这难免会有一些人的有色对待，这点在现实中是比较常见的。
四、办学性质不同
民办本科和公办本科存在办学性质不一样，学历证书都统一由国家教育部颁发，学校无权颁发学历证书，其本科毕业证和学士学位证书都可以在教育部网站查实。
五、组织不同
公办大学，是指由国家举办的学校，其办学经费全部来自国家财政拨款。而民办高校是指企业事业组织、社会团体及其他社会组织和公民个人利用非国家财政性教育经费，面向社会举办高等学校。
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