中国文化遗产研究院的前身可追溯至1935年1月成立的旧都文物整理委员会及其执行机构北平文物整理实施事务处；新中国成立后，重组更名为北京文物整理委员会。此后几经机构变更、裁撤，1990年8月，在文物保护科学技术研究所与文化部古文献研究室的基础上，组建成立中国文物研究所。2007年8月更名为中国文化遗产研究院。
中国文化遗产研究院发展历程有六个阶段：
1.旧都文物整理委员会与北平文物整理委员会时期（1935年～1948年）
1935年1月，经中华民国行政院批准，在北平正式成立了旧都文物整理委员会，隶属于中华民国行政院驻北平政务整理委员会，后改为直属行政院。
2.北京文物整理委员会时期（1949年～1955年）
中华人民共和国成立后，北平文物整理委员会及其工程处正式更名为北京文物整理委员会，隶属文化部文物局。
3.古代建筑修整所与文物博物馆研究所时期（1956年～1973年）
1956年1月，文化部决定北京文物整理委员会更名为古代建筑修整所。
1962年，文化部决定在古代建筑修整所和成立于1956年12月的文化部博物馆科学工作研究所筹备处的基础上，合并组建文化部文物博物馆研究所。
4.文物保护科学技术研究所与古文献研究室时期（1974年～1990年）
1973年6月，在古代建筑修整所和文物博物馆研究所的基础上，经中央批准，组建成立了文物保护科学技术研究所，曾先后隶属于文化部和国家文物事业管理局。
1978年，文化部从全国抽调了一批历史、文物、古文字学研究学者，创立古文献研究室。
5.中国文物研究所时期（1990年～2007年）
1990年8月，在文物保护科学技术研究所与文化部古文献研究室的基础上，合并成立中国文物研究所。
6.中国文化遗产研究院时期（2007年至今）
2007年8月，根据中央编制委员会办公室和国家文物局的批复，中国文物研究所更名为中国文化遗产研究院。2008年2月18日正式揭牌。（资料来源：《中国文物研究所七十年》）
