杭帮菜博物馆建筑面积12470平方米，由中国建筑设计院副院长、中国工程院院士崔恺大师主持设计，博物馆主体建筑采用现代的建筑材料和技术手段再现传统杭州建筑的空间组织精神和元素，通过坡屋顶、清水墙、全玻璃幕墙等建筑手法，体现杭州建筑的秀雅神韵。整个建筑群体临山面如吴冠中笔下的江南小镇白描入画，临湖面则碧绿通透，玲珑有致，与原生态公园环境相切相融，充分体现其生态建筑的特点。
整个博物馆内设展馆区、体验区和经营区。观众体验区体现了杭帮菜饮食文化的参与、交流、互动、学习的特征。在室内观众体验区的“老百姓大厨房”，原创性地设置了杭帮菜大师讲堂；烹饪表演与示范；市民游客参与菜点制作；百姓杭帮菜擂台竞技；电视饮食节目直播间等。
在室外互动区的爽园，设置了打年糕、做馒头、磨豆浆等活动。室外亲水平台，可参与饮食文化沙龙，及吃杭州菜，说杭州话，唱杭州戏等节目。
博物馆经营区为杭帮菜饮食文化的进一步延伸。在杭帮菜发展为蓝本的大幅黄杨木雕，在清代杭州人袁枚的随园食单书法，及随时代变迁的黑白老照片中，可以处处感受老杭州饮食文化的气息。在以40位杭州历史名人的事迹美文来命名和修饰的包厢中，静下心来，细细品尝，鉴赏正宗的杭州菜肴，回味杭州两千多年的历史文化变迁，以及杭州城市的市井百态，饮食风格；在与这些历史名人的超时空对话中，感知他们的艺术魅力和人格魅力。
