一、集成方式不同
1、msi：是microsoft installer的简写，是微软格式的安装包。
2、zip：是一种数据压缩和文档储存的文件格式。
二、操作系统支持不同
1、msi：XP下可以直接运行安装，98下需要一个InstMsi的程序才能运行MSI文件。
2、zip：用户的计算机上没有安装解压缩软件，也能打开和制作zip格式的压缩文件，OS X和流行的Linux操作系统也对zip格式提供了类似的支持。
三、使用优势不同
1、msi：随时彻底删除它们，更改安装选项，即使安装中途出现意想不到的错误，一样可以安全地恢复到以前的状态。
2、zip：分别压缩文件允许不必读取另外的数据而检索独立的文件；理论上，这种格式允许对不同的文件使用不同的算法。
参考资料来源：百度百科-.msi
参考资料来源：百度百科-Zip
