硝化系统是硝化反应系统的简称，指硝化细菌将氨（NH3）氧化为亚硝酸盐（NO2－），或将亚硝酸盐氧化为硝酸盐（NO3－）的反应系统。神巧负责执行这项任务的硝化细菌，分别是「亚硝酸菌」及「硝酸菌」：在有氧气存在时，首先由亚硝酸菌把氨氧化为亚硝酸盐，其次由硝酸菌再把亚硝酸盐氧化为硝酸盐。
氨是养鱼过程中的必然产物！因为氨有剧毒性，只游握键需在极低浓度之下，可能就对健康的鱼只产生足以致命的威胁，而氨可藉由硝化系统将之消除，因此若能藉由硝化细菌的硝化作用，不断地把氨给消除掉，将能使养殖鱼类之健康与安全获得更大的保障。 在有鱼生活的鱼缸中会自然产生硝化细菌，你仅仅需要提供硝化细菌附着生长的基床即可，一般常见的过滤系统中均提供有生物过滤滤材，例如常见的“生物棉”“玻璃环”“陶瓷环”“细菌屋”等等均是优良的细菌培养基，对于铺有底沙的鱼缸，底沙皮早也是良好的生物滤材。
