引爆摩天楼
某日，经营医院的黑川宅主人黑川大造遭人殴打致死，而这起案件也在（被柯南麻醉的）小五郎的活跃之下顺利解决了。数日后，柯南收到著名建筑师森谷帝二寄给工藤新一的邀请函，于是柯南与作为代理人的小五郎一同出席。在那里，柯南得知了之前发生杀人事件的黑川宅是出自森谷的设计。
次日，存放在火药库的炸药被盗，而森谷所设计的建筑物也陆续被纵火焚毁。犯人利用变声器给新一打电话，作出了犯罪的预告。为了阻止爆炸，柯南开始出动……柯南在小兰被困的门外拆除炸弹 最后成功
第十四个目标
正在慢跑的目暮警官遭人用十字弓射伤而住院了，而旁边发现了一把奇怪的刀。就在第二天，小兰的母亲—妃英理吃了被人下毒的巧克力，昏倒在事务所里。紧接着阿笠博士也被歹徒用十字弓射伤……三人的名字内都有13、12、11的数字，且被害者都与小五郎有关系。到底这张扑克牌代表着什么？
根据线索，目暮警官推断犯人可能是……十年前，扑克牌赌场的经营人村上丈，被当警察的小五郎逮捕。侦讯中，村上丈借口内急而挟持了来找小五郎的妃英理，企图逃走。枪法一流的小五郎第一枪掠过妃英理的腿部，然后再一枪击中村上丈，才结束了这场惊险的事件。之后小五郎引咎辞职了，妃英理也和小五郎分了居。这件事对小兰的打击非常大，她从此对父亲失去了信心。而村上丈在上个礼拜假释出狱了。
世纪末的魔术师
俄罗曼诺夫王朝的皇室秘宝——复活节之卵，将在大阪铃木财团美术馆内展出的同时，怪盗基德寄出犯案预告信准备夺取这无价的皇家艺术之宝，于是铃木会长要求小五郎协助警方侦查，以防彩蛋被窃取。柯南一行人来到大阪，遇到服部平次，便一同侦查此案。在美术馆遇到了俄罗斯大使馆的书记、珠宝美术商、罗马王朝研究家、职业摄影师等人。看完彩蛋，大家便解读预告信线索，不料将时间、地点都解读错误。而基德窃听到彩蛋被转移了，在疏于防备的情况下，基德成功地找到了回忆彩蛋。然而基德在逃离途中，却被神秘的杀手狙击，坠海失踪，生死不明。柯南以新型滑板追踪，夺回彩蛋。与此同时从国外回来的香阪夏美小姐，从祖母的遗物中发现彩蛋的原稿图与实物不同。
柯南看了原稿后，认为彩蛋有两颗，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所盖的城堡，所以大伙儿及对彩蛋虎视眈眈的研究者决议要去此城探索，找寻第二颗彩蛋。在返回东京的船上，摄影师寒川被杀，而且和基德相同是被击中右眼。目暮带着白鸟赶到，调查后柯南发现凶手可能是专门狙击右眼的职业杀手“史考兵”。而白鸟却几次揭穿柯南的提示，使小兰对柯南的身份起了怀疑……最后基德及时出现，替工藤解围
瞳孔中的暗杀者
连续两位东京警视厅的现任刑事惨遭杀害，而遇害的两位刑事都手握警察手册气绝身亡。这意味着什么？是对付警察的恐怖行为、或是过激派的暴行？警视厅正对此凶杀案件有关的人事物及警察组织内部着手进行搜查。而警视厅的内部秘密却如高墙般不可窥探！
柯南与小五郎前往警视厅向目暮警官、白鸟警官查询有关杀人事件的情报，但是友善的俩人却以此事不可告之而拒绝了。在小五郎努力追问下，却得到白鸟警官一句：“Need not to know〔无须知道〕……”这是警察之间所用的密语，也就是说杀人事件与警察内部有关！
小五郎、柯南和众多警察参加白鸟警官妹妹的婚宴，席间突然停电，小兰和佐藤警官都在厕所中，正当小兰拿起身旁的手电筒时枪声却响起，佐藤警官为保护小兰而挨枪，听到枪声的小五郎等人涌入厕所时犯人却已不着痕迹地脱逃了。这时，小兰却因承受不了佐藤女警重伤昏迷的打击，从而患了逆性健忘！虽然记不起身边的事，但却可以照顾自己的日常生活。失去记忆的兰不断受到犯人的攻击，为了找回记忆，众人带兰去多罗碧加乐园，却误认为找到真凶而放松警惕。此时，找出真凶的柯南赶往乐园保护兰……
通往天国的倒计时
场景取材开始于永乐町的东京宝冢剧场正在兴建的工地为题材.电梯的缆线断裂的爆破场面、配电室的破坏所引发的停电、切换自己发电等等……壮观场面为创作构想是第5弹的重点。剧场屋顶、观众席上方的兴建工程，地下停车场…等等都是取景的所在地。这次少年探侦団的戏份很多唷，少年侦探队的大活跃呢！小小的少年侦探团背负著重大救人的使命，以团队合作来解决危机，势必又是一场冒险患难,吉冈昌仁导演所规划的『新的道具』将会隆重登场。另外，黑暗组织也隆重登场，当然啦，反派就是黑暗组织。请大家拭目以待。
