应该是要扣除五险一金的。
相关党费收缴规定：
1、中组织部《关于中国共产党党费收缴、使用和管理的规定》（中组发[2008]3号，2008年4月1日施行）规定：
第一条 按月领取工资的党员，每月以工资总额中相对固定的、经常性的工资收入（税后）为计算基数，按规定比例交纳党费。
工资总额中相对固定的、经常性的工资收入包括：机关工作人员（不含工人）的职务工资、级别工资、津贴补贴；事业单位工作人员的岗位工资、薪级工资、绩效工资、津贴补贴；机关工人的岗位工资、技术等级（职务）工资、津贴补贴；企业人员工资收入中的固定部分（基本工资、岗位工资）和活的部分(奖金）。
2、《中共中央组织部关于对党费收缴工作中几个具体问题的问答》（全国基层组织建设工作情况通报第52期，2008年4月8日）在解答“列入党员交纳党费计算基数的津贴补贴包括哪些收入?”提到：列入交纳党费计算基数的津贴补贴是指：根据国家关于规范津贴补贴的有关规定，对各地各单位干部职工普遍发放的规范津贴补贴(工作性津贴和生活性补贴)。
对于只有少数地区、部分单位或特殊岗位享有的津贴补贴，如：艰苦边远地区津贴、特殊岗位津贴和补贴(法院检察院办案津贴、审计补贴、纪检监察办案人员补贴、公安值勤岗位津贴、密码人员岗位津贴、信访岗位津贴、有突出贡献专家享受的政府特殊津贴等)、改革性补贴(住房公积金、住房提租补贴、通讯补贴、交通补贴等)，以及社会保险类补贴、伤残人员抚恤金等，不列入交纳党费计算基数。
从上面的规定看，五险一金不包含组党费计算基数内，是应该扣除的。
扩展资料：
1、缴纳党费是每个党员的义务，在无正当理由的情况下，党费不得拖欠或不交，党 员连续六个月没有交纳党费，经教育仍不改正，就认为是自行脱党，由党组织召开大会决定对其除名，并报上级党组织批准。
2、新入党的党员，从批准为预备党员的当月开始交纳党费。
3、交纳标准
（1）每月工资收入(税后)在 3000 元以下(含 3000 元)者，交纳月工资收入的 0.5%；3000 元以上至 5000 元(含 5000 元)者，交纳 1%；5000 元以上至 10000元(含 10000 元)者，交纳 1.5%；10000 元以上者，交纳 2%。
（2）实行年薪制人员中的党员，每月以当月实际领取的薪酬收入为计算基数，参照前一款规定交纳党费。
（3）交纳党费有困难的党员，由本人申请，经党组织委员会同意，报上一级党委批准后，可以少交或不交。
4、交纳时间。党员应按月交纳党费，外出党员可视具体情况，经所在党组织同意，可以委托亲属或其他党员交纳或者补交党费，补交党费时间不得超过半年。企业 党组织每月应向上级党组织上缴当月党费。
5、党组织每年要公布一次党费收缴情况。
参考资料：百度百科-党费
