两者并不是一个意思。
银行代发工资主要是指企业联系的银行，然后以银行的形式发放；而银行以自动转账方式支付薪金是需要跟银行申请的个人业务，是通过其他银行转账到你账号所在银行进行支付。
扩展资料
银行代发工资的特点
1、操作灵活、方便快捷
网上银行企业财务室操作简单、方便，超越时间、空间障碍，企业自己掌握办理业务的时间，随时随地享受银行方便、快捷的服务。
2、批量处理、入账及时
企业如果通过网银贵宾室的企业财务室发放工资，工资将实时处理，实时入账；如果通过付款业务的企业财务室功能发放工资，银行一天有4个批次通过计算机自动进行处理，保证工资及时到账；财务人员可以及时打印工资人户明细清单和处理结果。
3、信息保密、降低风险
相对传统的磁盘代发工资方式，减少了交接环节，提升了工资信息的私密性。
除企业财务经办人员以外，对企业员工的工资，任何人都无法知道发放的金额(包括银行工作人员)，单位的员工可以通过个人网上银行点击账户查询功能查询电子工资单，轻松查询到本人的工资，避免了纸质工资单的传递，从而降低了财务人员的工作强度，减少了财务成本。
4、交易安全、全国统一
企业在网上银行企业财务室发放工资、奖金，既可以避免领取、运送、保管现金所带来的安全问题，还可以避免用现金发放工资、奖金出现的差错。网上银行发放工资和奖金的范围广，只要企业员工在全国各地的指定银行开立银行账户，企业都可及时地将工资、奖金发放到员工手中。
参考资料来源：百度百科-代发工资业务
