根据有关法律的规定，保密津贴是在合同履行期间支付的，而竞业限制补偿金是在员工离职以后支付的。
《劳动合同法》第23条规定：用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款……
企业与劳动者约定竞业限制条款或签订有竞业限制协议的，必须给劳动者相应的经济补偿金企业在劳动者在职期间支付的保密津贴性质的补偿并不能代替离职之后的竞业限制经济补偿金。
两者的区别主要体现在以下几点：
首先，作用不同。保密费是用人单位对劳动者承担保守单位的商业秘密而给劳动者的津贴;竞业限制补偿金是用人单位对劳动者履行竞业限制义务的补偿，即对劳动者就业权限制的补偿。
其次，支付时间不同。保密费是用人单位在劳动者在职期间支付给劳动者的;竞业限制经济补偿金是用人单位应在劳动者离职后支付给劳动者的。
最后，强制性程度不同。保密是员工的法定义务，是员工忠诚义务的自动延伸，因此保密费在一般情况下可发可不发。由于竞业限制是对员工离职后一定时间内重新择业的限制，从公平角度讲，必须支付劳动者相应的经济补偿金，法律也明确规定企业应当按月支付劳动者经济补偿金。
